До этого Пётр Аркадьевич считал, что естественным противовесом общинному началу является единоличная собственность. Она же служит залогом порядка, так как мелкий собственник представляет собой ту ячейку, на которой покоится устойчивый порядок в государстве.

Он считал, что если дать выход инициативе лучших сил деревни в виде отдельного земельного участка, вырезанного из государственных земель, или из земельного фонда Крестьянского банка, обеспеченного наличностью воды и другими насущными условиями культурного землепользования, то наряду с общиной появился бы самостоятельный зажиточный поселянин, устойчивый и крепкий представитель земли.

Первоначально аграрная реформа Столыпина предполагала передачу надельных земель в собственность крестьян, постепенное упразднение сельской общины как коллективного собственника земель, широкое кредитование крестьян, скупка помещичьих земель для перепродажи крестьянам на льготных условиях, землеустройство, позволяющее оптимизировать крестьянское хозяйство за счёт ликвидации чересполосицы.

Но в Гродненской губернии, где было решено первоначально проводить эксперимент, губернии с развитым сельским хозяйством, Столыпин и Струве столкнулись с нежеланием крестьян следовать новым технологиям и выходить из общины, несмотря на «земельную тесноту».

Большинство крестьянских общин всё ещё широко практиковали зелёный пар, то есть использование поля под паром как общего пастбища до начала посева озимых. Они сажали яровые культуры, не поднимая зябь – без вспашки поля поздно осенью под посев весной; не выполняли двоения – повторной пахоты в середине лета. Большинство крестьян не были знакомы с рядным сеянием и не сортировали семена для посева. В крестьянском обиходе эффективные плуги ещё не успели заменить примитивную соху.

Крестьяне уделяли мало внимания картофелю, дающему больший урожай с единицы площади при чуть больших трудозатратах; не сеяли кормовые травы и не культивировали кормовые корнеплоды. Так как площадь пашни постоянно увеличивалась за счёт лугов, в крестьянских хозяйствах на десятину пахотного поля приходилось всё меньше навоза – единственного доступного на тот момент для крестьянина удобрения.

Все эти агротехнологии к началу ХХ века уже широко применялись в успешных помещичьих хозяйствах. Урожайность помещичьих полей, в подавляющем большинстве также имевших трёхпольный севооборот, на тот момент в среднем была на пятьдесят-семьдесят процентов выше, чем крестьянских. На образцовых опытных полях агрономических станций при использовании многопольных севооборота, травосеяния и прочих новых технологий удавалось собирать урожай в два-три раза выше крестьянского.

По оценке Столыпина, крестьянские хозяйства только за счёт улучшения обработки земли, без перехода на улучшенные севообороты и без использования минеральных удобрений, имели возможность поднять урожайность на пятьдесят процентов.

Но, несмотря на очевидные успехи агрономии, крестьянские общины продолжали придерживаться неэффективных технологий. Причины этого явления были многообразны. Прежде всего, крестьяне в своём большинстве не только не имели даже начального образования, но и были неграмотны. Результатами неграмотности были косность, боязнь изменений, плохая информированность. Крестьяне были просто не способны ни прочитать агрономическую книгу, ни понять соображения агронома, например, о дефиците фосфора или калия как причине неурожая.

Второй причиной стало хроническое недофинансирование крестьянского хозяйства, отсутствие у крестьян надлежащих товарных запасов и оборотных средств. К примеру, многие крестьяне хотели купить усовершенствованные сельскохозяйственные орудия или породистый скот, но не имели возможности это сделать из-за нехватки денег и отсутствия доступа к кредиту. Эта проблема имела тенденцию усугубляться – чем более увеличивалось сельское население, тем более мельчали хозяйства, становясь всё слабее в финансовом отношении.