Одним из основных налогов во времена Филиппа был cruzada – сбор денег на священный поход, учрежденный папством для возобновления войны испанцев против ислама. Испанцы не могли понять настойчивости католиков в проведении церковной реформы. Испанская церковь опробовала свою собственную реформу в XV в., то есть раньше Лютера. С 1478 г. появляется испанская инквизиция, призванная очистить страну от ереси среди обращенных мусульман и евреев. Их ненавидели, их боялись, и к моменту начала правления Филиппа II проявились расистские действия против общественной деятельности всех, чья кровь была нечиста. Инквизиция действовала одинаково на территории и Кастилии, и Арагона, и Наварры, и, когда восстание протестантов было подавлено, инквизиция распространилась на огромную территорию, чтобы изгнать ересь из Испании. Все, что хотя бы слегка отклонялось от католичества, было объявлено лютеранством; жертвы подвергались пыткам и тайному суду, и, если была признана их вина и уклонение от нее, они передавались в руки светских властей для публичной расправы. Святой Игнатий Лойола был дважды осужден испанской инквизицией за пособничество в распространении ереси. Даже архиепископ Толедо, главный в Испании, был заточен в темницу своими врагами из инквизиции с 1559 по 1576 г. за помощь в распространении ереси. Несмотря на такую атмосферу, на горизонте страны ярким новым светом засияли двое святых конца XVI в. – святая Тереза из Авильи (1515—1582) и святой Иоанн Креста (1542—1591), так ярко показанные на полотнах Эль Греко (ок. 1548—1614). Испанская восторженность не распространялась на папство. Отношения между Мадридом и Римом постоянно оставались натянутыми. Как любой правитель своего времени, Филипп ревностно относился к любым вмешательствам в его церковь, и, кроме того, как утверждает Ж.Х. Эллиотт, «в своем сердце он считал религию слишком серьезным делом, чтобы доверить ее папе».

Каким человеком был Филипп II? Внешне застенчивым и скрытным, внутри – уверенным в своей католической вере и королевском величии. Он был худ, обладал неяркой внешностью, говорил медленно и мягко, редко улыбался, был начитанным и более одаренным духовно, нежели физически, и чувствовал себя самым счастливым человеком. Зачитывая постановления со своего трона, он никогда лично не управлял войсками. Он не любил путешествовать или общаться с людьми и после 1559 г. никогда не покидал Пиренейского полуострова. Но он жадно впитывал все сведения, которые смогли собрать его представители. Каждый день он погружался в массы бумаг, многие из которых были до абсурда тривиальны, и писал объемные комментарии на полях, иногда даже исправляя грамматические и орфографические ошибки. Король, как жаловались его подданные, желал управлять страной не вставая с трона. Он благоговел перед отцом, но не имел и десятой части общительного и энергичного нрава Карла.

Филипп перенес много разочарований и горестей. Он пережил четырех жен, сочетаясь браком лишь для продолжения династии. Будучи двадцатисемилетним юношей, он выбрал себе тридцативосьмилетнюю невесту. А после того как она умерла, тридцатидвухлетний король женился на девочке 14 лет. Шесть из его девяти детей умерли в детстве. Его первый сын, Карлос (1545—1568), имел физические изъяны и психические отклонения. Дон Карлос люто ненавидел отца, и, когда началось восстание в Голландии, он намеревался сбежать туда и присоединиться к восставшим. Однажды ночью в 1568 г. король ворвался в спальню сына со стражей, нашел оружие, и принца арестовали. С тех пор Филипп не видел более Карлоса. Шесть месяцев спустя принц умер. Историки до сих пор спорят, был ли это яд или самоубийство. Враги Филиппа тотчас воспользовались этим случаем. Они объявили короля жестоким тайным убийцей. С этих пор англосаксонские историки рисуют Филиппа в темных красках. Испанцы, напротив, помнят его как благоразумного короля и признают, что он был достойным и добросовестным правителем. Последняя точка зрения, как считают историки, ближе к правде, хотя его борьба против протестантов была явно не самым благородным и разумным поступком.