После заключения Тильзитского мира Наполеон стал чувствовать себя в Европе намного увереннее и комфортней. Нельзя ни отметить и тот факт, что впоследствии французская дипломатия никоим образом не помогала России в соблюдении её интересов в Турции, а Россия в свою очередь продолжала торговать с Англией и не убрала свои войска из Молдавии и Валахии. Впрочем, это были далеко не единственные пункты Тильзитского мира не выполнявшиеся обеими сторонами. Разрыв двух государств был не избежен, так как уж слишком разные были у Александра и Наполеона интересы и представления о будущем мира и Европы.

18 декабря 1800 года умер грузинский царь Георгий XII. После его кончины монархом провозгласил себя Давид XII, старший сын Георгия от первого брака. Царица Дареджан Дадиани, вдова Ираклия II (бывшего царя и отца Георгия XII), и её сыновья отказались признавать власть Давида.

В начале 1801 года император Павел I издал Манифест о присоединении Восточной Грузии к России на особых правах. Александр I подтвердил решение своего отца и 12 сентября 1801 года подписал «Манифест об учреждении нового правления в Грузии», согласно которому Картли-Кахетинское царство вошло в состав России и стало Грузинской губернией империи. В мае 1801 года русский генерал Карл Фёдорович Кнорринг отстранил Давида XII от власти и создал временное правительство во главе с генералом Иваном Петровичем Лазаревым. В сентябре 1801 года Давид XII вместе с семьёй был арестован князем Павлом Дмитриевичем Цициановым и выслан в Россию. Судьбу Давида разделили и многие другие представители правящей династии.

11 сентября 1802 года князь Цицианов был назначен на должность инспектора Кавказской укреплённой линии, астраханским генерал-губернатором и главнокомандующим в только что присоединенной Грузии. Для того чтобы предотвратить народные волнения в Грузии, император Александр I приказал генералу Лазареву вывезти всех представителей династии Багратиони за пределы Грузии. Бывшая царица Картли-Кахетии Мариам (Мария) Цицишвили решилась на побег. Она планировала бежать на территорию Хевсурети, где местные жители с неприятием относились к русским. Узнав о том, что царица хочет скрыться, князь Цицианов, по иронии судьбы являющийся её дальним родственником, приказал генералу Лазареву немедленно взять Мариам под стражу и вывезти в Петербург для дальнейшего проживания. 18 апреля 1803 года солдаты во главе с Лазаревым окружили Тбилисский дворец, где жила Мариам. Войдя в царские покои, где сидела бывшая царица в окружении спящих детей, генерал объявил о том, что ей предстоит отправиться в Санкт-Петербург, и потребовал немедленно разбудить детей и вывести их во двор. В ответ на отказ Мариам Лазарев взял её за ноги и попытался стянуть с тахты, на которой женщина сидела. Возмущённая такой дерзостью и бесцеремонным отношением к ней, Мариам вскочила с тахты, схватила из-под подушки кинжал и нанесла колющий удар Лазареву в грудь. Генерал скончался мгновенно. Она тут же была схвачена. В конечном итоге Мариам с детьми в принудительном порядке вывезли в Россию и разместили в келии Белгородского Рождественского женского монастыря.

В 1803 году в состав Российской империи вошла Мегрелия.

3 (15) января 1804 года русские войска под командованием Цицианова штурмом взяли крепость Гянджу, подчинив тем самым Гянджинское ханство. За это Цицианов был произведён в генералы от инфантерии (пехоты).

20 апреля 1804 года Цицианов ввёл войска в Имеретию и 25 апреля заставил местного царя Соломона II подписать Элазнаурский трактат о российском протекторате над Имеретией.