На четвёртом этапе, с начала 1990-х гг., в связи с изменением политической ситуации в стране появилось значительное количество работ по истории казачества, посвящённых участию казаков в революционных событиях 1917 г. и Гражданской войны. Так, заметным событием в изучении истории казачества Востока России, в том числе и участия енисейских казаков в Гражданской войне, стал выход в 1995 г. трёхтомной «Истории казачества Азиатской России»17. Второй том издания посвящён истории казачества азиатской части России в XIX–начале XX в. Содержащиеся в нём сведения позволяют проследить экономическую и социально-политическую ситуацию в казачьих регионах Сибири к 1917 г. Третий том посвящён истории казачества Азиатской России в XX в., в том числе участию казачества в Гражданской войне. Следует, однако, отметить, что информация о енисейском казачестве в настоящем издании чрезвычайно ограничена. Краткое упоминание о енисейском казачестве содержится и в вышедшей позднее энциклопедии «Казачество»18.

Большое внимание исследованию участия енисейского казачества в Гражданской войне в этот период уделяет в своих работах А. П. Шекшеев. В своих статьях «Енисейское казачество: антисоветская борьба и трагический исход» и «Енисейское казачество в период революции и Гражданской войны: проблемы истории» он даёт общее описание участия енисейского казачества в Гражданской войне, стремится сделать анализ основных факторов, определивших его положение в регионе в этот период19. Также самый общий анализ положения енисейского казачества в период революции и Гражданской войны содержится в статье А. Е. Богуцкого «Взаимоотношения казачества и Советской власти в 1917–1922-е гг.»20.

К попыткам более подробно рассмотреть причины, определившие характер деятельности енисейских казаков в период Гражданской войны, можно отнести работу В. А. Шулдякова «О причинах сословных противоречий и борьбе между казачеством и крестьянством Енисейской губернии в период революции и Гражданской войны»21. В ней автор исследует историю отношений енисейского казачества с основными социальными группами Енисейской губернии в 1917–1920 гг. и делает вывод об экономических предпосылках конфликта крестьян и казаков в Енисейской губернии, послужившего основой вооружённого противостояния в регионе. В. Я. Бутанаевым и Б. Я. Индыгашевым в статье «Хакасский элемент в истории енисейского казачества»22 была сделана попытка рассмотреть отношения енисейских казаков с инородческим населением Енисейской губернии, выяснить причины и формы сотрудничества этих двух групп в период Гражданской войны. Процессам формирования казачьего населения Восточной Сибири посвящена монография Г. Ф. Быкони23. В монографии Г. И. Романова и П. А. Новикова «Иркутское казачество»24 идёт речь о довойсковом периоде истории иркутского казачества. Она содержит значительное количество материалов, связанных с казачьими обществами Восточной Сибири, в том числе и енисейским казачеством. В работе подробно рассматривается социальное устройство восточносибирского казачества, его расселение, численность, землеустройство, участие в войнах и конфликтах начала XX в. Новейшая работа Ю. А. Петрушина, посвящённая казачеству Восточной Сибири, даёт возможность проследить его культурные и хозяйственные основы жизни, приведшие к противостоянию казаков и Советской власти в 1917–1922 гг.25

Большое внимание уделяют историки деятельности первого атамана Енисейского казачьего войска А. А. Сотникову. И. В. Коняхина в своей статье «Мятеж Красноярского казачьего дивизиона в 1918 г.» детально восстановила ход мятежа енисейских казаков под руководством Сотникова в конце 1917 – начале 1918 гг. и выявила основные причины его неудачи