В тот же день в районе Чон-Алайский около 16 часов дня возобновились полномасштабные боевые действия между правительственными силами и отрядами террористов. Со стороны правительственных войск имеются раненые. О потерях со стороны террористов неизвестно – своих раненых и убитых боевики уносят с собой. Накануне были освобождены четверо ранее захваченных боевиками местных жителей. Они были отпущены в результате переговоров, инициированных местными жителями и якобы сообщили о том, что все остальные заложники живы. Формально чрезвычайное положение в области не вводилось, однако улицы Оша патрулируются военнослужащими, у всех прохожих проверяются документы, на въездах в город установлены блокпосты. На юге республики полным ходом идет мобилизация резервистов.

31 августа в республике празднуется День независимости. Несмотря на все слухи о возможных терактах, праздник проходит спокойно.

В течение 1–3 сентября боевики ведут себя тихо, лишь по ночам происходят незначительные перестрелки. О судьбе заложников ничего конкретного не известно, на контакты террористы не идут.

4 сентября. Лидер боевиков Тохир Фарух потребовал от властей Узбекистана освободить его сторонников, находящихся в заключении. Только в этом случае, говорится в заявлении лидера «Исламского движения Узбекистана», будут освобождены заложники. В заявлении содержится также требование открыть в Узбекистане тысячу мечетей и медресе. Военные действия на территории Киргизии происходят, говорится в заявлении, «из-за недальнозоркости бишкекских властей». Тохир Фарух требует убрать войска и не препятствовать проходу его людей в Узбекистан.

В тот же день, по официальным данным, в результате военной операции, правительственными войсками освобождены перевал Бок-Баши и район ледника Абрамова на границе Чон-Алайского района Киргизии и Джиргатальского района Таджикистана. По информации из правительственных структур, в Чон-Алайском районе боевиков больше нет. О потерях с обеих сторон не сообщается.

5 сентября становится известно, что за распространение листовок экстремистского толка в Араванском районе на юге Киргизии задержаны четверо местных жителя. У задержанных были изъяты 62 книги, брошюры, плакаты и листовки религиозно-экстремистского толка. Правоохранительными органами проводится расследование по данному факту. Местные власти ведут агитационную работу среди населения южных районов Киргизии, призывая их не поддаваться на провокации исламистов и сохранять спокойствие.

К 5 сентября правительственными войсками очищены от террористов села Зардалы и Коргон в Баткенском районе. По данным разведки, наибольшее скопление боевиков в 400 человек наблюдается в районе населенного пункта Ходжа-Ачкан. Спецподразделения «принимают все меры для освобождения заложников».

Четверо японских геологов вывезены на территорию Таджикистана и могли находиться в районе населенного пункта Джиргаталь или поблизости от Комсомолабада.

6 сентября МИД Киргизии выступил с заявлением. Киргизия призвала ООН, ОБСЕ и другие международные организации дать «принципиальную оценку» событиям в ее южных районах.

В тот же день в районе села Карамык ночью были замечены две небольшие группы боевиков, которые были обстреляны бойцами киргизской армии. Ранее, после проведения операции в Чон-Алайском районе, около 100 бандитов были вынуждены отступить в Джиргатальский район Таджикистана. По сведениям разведки, около 400–450 вооруженных террористов продолжают находиться в урочище Ходжа-Ачкан на территории Киргизии, и подразделения правительственных войск ведут подготовку к операции по локализации и ликвидации этой группировки.