По указу Президента РФ Бориса Ельцина «Об утверждении Положения о Федеральной службе безопасности Российской Федерации и ее структуры» штатная численность военнослужащих центрального аппарата ФСБ с 1 января 1999 года утверждается в количестве 4000 человек (ранее 6000 сотрудников).

Очередная реформа ФСБ произошла летом 2004 года. Президент РФ Владимир Путин подписал Указ о начале реорганизации ФСБ 11 июля 2004 года. Согласно этому документу директору ФСБ было разрешено иметь одного первого заместителя, начальника Погранслужбы в ранге первого зама и двух заместителей. Кроме того, в ФСБ были упразднены департаменты, а вместо них образованы службы[21].

Структура центрального аппарата ФСБ РФ в 2005 году включала в себя службы и подразделения центрального подчинения.

Директор Службы и семь его заместителей.

Служба контрразведки (СКР) ФСБ РФ:

Управление координации и анализа контрразведывательной деятельности;

Управление контрразведки на объектах;

Управление информационного обеспечения оперативно-розыскной деятельности;

Департамент военной контрразведки.

В настоящее время, помимо борьбы со шпионажем, деятельность Службы контрразведки (СКР) осуществляется в сфере обеспечения безопасности российских учреждений и граждан за рубежом, режима въезда-выезда и пребывания иностранных граждан в Российской Федерации, борьбы с незаконной миграцией, оперативного прикрытия госграницы, оперативного розыска. Кроме того, СКР совместно с заинтересованными подразделениями ФСБ осуществляет меры, направленные на обеспечение безопасности представительств иностранных государств на территории РФ.

Служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом (СЗКСиБТ) ФСБ РФ:

Управление по борьбе с терроризмом и политическим экстремизмом (УБТПЭ);

Антитеррористический центр / Центр специального назначения;

Управление по борьбе с международным терроризмом (УБМТ);

Организационно-оперативное управление;

Оперативно-розыскное управление (ОРУ).

Пограничная служба ФСБ РФ.

Служба экономической безопасности (СЭБ) ФСБ РФ:

Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности (Управление «П»);

Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта (Управление «Т»);

Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы (Управление «К»);

Управление по контрразведывательному обеспечению МВД, МЧС, Минюста (Управление «М»);

Организационно-аналитическое управление;

Управление по борьбе с контрабандой и незаконным оборотом наркотиков.

Административная служба ФСБ РФ:

Служба оперативной информации и международных связей (бывшая служба анализа, прогноза и стратегического планирования);

Аналитическое управление;

Управление координации оперативной информации (УКОИ);

Управление стратегического планирования;

Отдел открытой информации;

Управление международного сотрудничества.

Служба организационно-кадровой работы ФСБ РФ:

Управление специальных регистраций;

Организационно-плановое управление;

Управление кадров.

Контрольная служба ФСБ РФ:

Инспекторское управление;

Контрольно-ревизионное управление;

Управление собственной безопасности.

Научно-техническая служба ФСБ РФ:

Управление заказов и поставок вооружений, военной и специальной техники;

Управление оперативно-технических мероприятий (УОТМ);

НИИ информационных технологий;

Научно-исследовательский центр.

Служба обеспечения деятельности ФСБ РФ:

Финансово-экономическое управление ФСБ РФ;

Управление материально-технического обеспечения (УМТО) ФСБ РФ;

Управление капитального строительства ФСБ РФ;

Финансово-экономическое управление ФСБ РФ.

Подразделения центрального подчинения ФСБ РФ