Предшественницей монастыря была часовня с иконой свт. Николая, стоявшая на полуострове, между стечением рек Оскола и Валуек, в трех верстах от Валуек. При ней жил монах Корнилий, из отставных служивых, и еще три монаха. В 1613 г. царь Михаил Федорович, во время похода против крымских татар, основал при часовни монастырь. Монаху Корнилию в то время было более ста лет.

Вскоре после появления монастыря местный житель, косивший траву у самого стечения Оскола и Валуя, нашел икону свт. Николая из старой часовни. Ее отнесли в городскую церковь, но потом икона была снова обнаружена на лугу, на прежнем месте. Это повторилось и после второго ее принесения в город. Тогда икону поставили в Валуйском Успенском монастыре с обещанием ежегодно торжественно носить в Валуйки. С тех пор икона прославилась как чудотворная. В седьмую неделю по пасхе, из монастыря в городской собор Валуек совершался крестный ход с иконой свт. Николая.

Первая каменная монастырская церковь Успения Божией Матери была построена в 1790 г. Но постройка обвалилась по самые нижние столбы, поэтому в 1794 г. церковь возведена заново.

Другая церковь – малая деревянная двупрестольная – свт. Николая и Дмитрия Ростовского, была построена в 1762 г., а освящена в 1787 г.

Настоятели монастыря в давние времена были игуменами, позже поименованы строителями. В 1764 г. монастырь был оставлен на своем содержании, а в 1797 г. поддерживался окладом государевой милостыни.

В начале XX в. в Успенском монастыре было много мастерских – сапожная, портняжная, столярная, кузнечная, слесарная, имелись водяная и паровая мельницы, работал собственный свечной завод. Кроме того, монастырь располагал большим скотным двором и пасекой. Обученные монахи сами писали иконы, при монастыре жил фельдшер, который лечил местных крестьян. Существовала школа для детей-сирот, располагавшаяся в подмонастырской слободке. Монастырь бесплатно одевал, кормил и обучал детей, которые пели в монастырском хоре. Правый клирос состоял из двадцати человек, басы и тенора набирались из монашествующей братии, а дисканты и альты из детей монастырской школы.

Во второй половине XIX в. наместником Валуйского монастыря был архимандрит Игнатий (Алексеевский). Он настоятельствовал в Валуйском монастыре пятьдесят лет, скончался на девяностом году жизни и был погребен в ограде монастыря близ алтаря Успенского храма. При нем в обитель поступил 13-летний Иван Бирюков, будущий архимандрит Игнатий. Наместник взял мальчика к себе келейником. Послушание ему было дано клиросное – он ходил каждый день в церковь на правый клирос читать и петь. Настоятель и братия полюбили молодого послушника за его кроткое и благонравное поведение, а также за искусное пение и чтение. Когда в монастыре скончался регент, настоятель благословил Ивана управлять монастырским хором.

Перед революцией в монастыре на разных послушаниях было около ста человек. Двенадцать иеромонахов, шесть иеродиаконов, четыре иеросхимонаха, два схимонаха.

В 1896 г. Иван был официально зачислен в число послушников монастыря. 20 декабря 1897 г. на тридцать третьем году жизни он был пострижен настоятелем, архимандритом Игнатием, в монашество с наречением имени Игнатий. В 1898 г. епископ Иосиф (Соколов) рукоположил его в Алексеевском монастыре в сан иеродиакона. Через два года епископ Воронежский Анастасий (Добрадин) рукоположил Игнатия в Воронежском Митрофаньевском монастыре в сан иеромонаха. С этого времени по благословению настоятеля он снова стал управлять монастырским хором.

В 1900 г. настоятелю Валуйского монастыря архимандриту Игнатию исполнилось семьдесят семь лет. Все труднее ему становилось управлять монастырем, и епархиальное начальство назначило иеромонаха Игнатия помощником настоятеля.