Новый Воронежский владыка архиепископ Петр (Зверев) поставил во главе Алексеевской братии архимандрита Иоанникия (Беда), красноречивого проповедника. Многие горожане стали приходить в Акатов монастырь, сюда же перешли и прихожане из Митрофановского монастыря, захваченного обновленцами.
Участие в судьбах монастыря приемника Петра (Зверева) епископа Алексия (Буя), его частые служения в Акатовом монастыре, стали поводом для ареста как самого владыки, так и монастырского духовенства. Многие из них стяжали мученические венцы и были прославлены в соборе новомученников Российских. Игумен Алексеевского монастыря 70-летний архимандрит Тихон (Кречков) был расстрелян вечером 2 августа 1930 г., вместе с настоятелем одной из монастырских церквей священномучеником Федором Яковлевым, рукоположенным в самый разгар гонений на Церковь, и священником Сергием Гортинским, иеромонахами преподобномучениками Космой (Вязниковым) и Георгием (Пожаровым). В 1930 г. был арестован и расстрелян только что рукоположенный в священники псаломщик Акатова монастыря Петр Васильевич Струков. Та же участь постигла и диакона Алексеевского монастыря Пантелеймона Николаевича Пациору, приходившегося двоюродным братом архимандриту Иннокентию (Беда).
В том же году по требованию рабочих местного завода был запрещен колокольный звон и изъяты колокола на нужды промышленности.
Летом 1931 г. монастырь был закрыт. Монахов разогнали, впоследствии многих из них репрессировали. Имущество постепенно было растащено. Иконы были переданы Краеведческому, а потом Антирелигиозному музею, в фондах которого они сгорели во время оккупации Воронежа. Одна из чудотворных икон монастыря – Божией Матери «Живоносный источник» уцелела чудом. 12 апреля 1991 г., по благословению владыки Мефодия (Немцова), она была возвращена на прежнее место.
В 1989 г. здания Алексеево-Акатова монастыря были возвращены епархии. В 1990 г. монастырь был восстановлен как женский. Сестры ухаживают за небольшим некрополем воронежских новомучеников, устроенном на территории обители.
Кладбищенская Всехсвятская церковь на Ново-Митрофаниевском кладбище. На Ново-Митрофаниемском кладбище Воронежа находятся могилы двух известных поэтов А.В. Кольцова и И.С. Никитина. Они расположены почти одна подле другой. Над могилой Никитина в 1863 г. был сооружен великолепный памятник из каррарского мрамора, выполненный в петербургской мастерской скульпторов братьев Ботта, по проекту художника М.С. Петерсона. На нем высечены первая и последняя строфы лебединой песни Никитина, из Дневника семинариста. Памятник А.В. Кольцову был установлен на народные деньги в 1868 г.
Толшевский Спасо-Преображенский монастырь
По старинным сказаниям, монастырь был основан местночтимым пчеловодом Константином в 1635 г., хотя по некоторым документам, он существовал еще во второй половине XVI в. Поначалу он назывался Константиновскою пустынью, а по своему храму Спасовским монастырем. Колодец близ монастыря и впоследствии сохранил название Константиновский, равно как и вытекающий из него проток, на котором построили мельницу. Название же Толшевский, вероятнее всего, произошло от окружавшего его густого и толстого леса, так как в простонародье монастырь называли Толшами или Толщами.
Воеводы Степан Вельяминов в 1646 г. пожертвовал землю на содержание монастыря. В 1677 г. царем Федором Алексеевичем монастырю была пожалована денежная руга.
Около 1750 г., по благословению воронежского преосвященного Феофилакта, в деревянном монастыре началось строительство первой каменной Спасской церкви. Церковь была освящена в 1759 г. при игумене Евфимии. Позже, игумен Евфимий построил каменную колокольню со святыми воротами. При игумене Тимофее была закончена каменная ограда с восьмью башнями.