Таким образом, к середине 1960-х годов для органов юстиции страны была создана структура региональных научно-исследовательских институтов судебных экспертиз и лабораторий, которая позволила обеспечивать как производство судебных экспертиз, так и развитие их методического обеспечения. Причем в ряде НИИСЭ организовывались лаборатории, в которых стали разрабатываться научные основы новых родов экспертиз. Так, в Ташкентском НИИСЭ начали разрабатывать научные основы экологической экспертизы, в Харьковском НИИСЭ сформировалась научная школа судебного автороведения, в Киевском НИИСЭ активно осуществлялись разработки методик исследования документов. Начиная с 1980-х годов в Азербайджанском НИИСЭ разрабатывались проблемы экспертной профилактики. Институт стал признанным центром разработки этого направления экспертной деятельности.

Обеспечение научно-технического руководства периферийных лабораторий первоначально осуществляла ЦКЛ. 1 октября 1962 года на базе Московской лаборатории судебной экспертизы и ЦКЛ ВИЮН был создан Центральный научно-исследовательский институт судебных экспертиз (ЦНИИСЭ). Его директором был назначен А. Р. Шляхов, который руководил этим институтом до 1987 года.

На ЦНИИСЭ наряду с производством сложных и повторных экспертиз была возложена задача по научно-методическому руководству всеми экспертными лабораториями на местах и разработке единых принципов и научных методов судебной экспертизы. Научное ядро института составили такие ученые-криминалисты, как А. Р. Шляхов, В. С. Митричев, В. Ф. Орлова, А. И. Манцветова, А. А. Гусев, Х. М. Тахо-Годи, Б. М. Комаринец. Всего же штат института насчитывал не более 90 человек.

В 1970 году было воссоздано МЮ СССР и Институт был переименован во Всесоюзный научно-исследовательский институт судебных экспертиз (ВНИИСЭ). Он стал головным научно-исследовательским и экспертным учреждением для всей системы экспертных учреждений органов юстиции. В 1994 году институт был преобразован в Российский федеральный центр судебных экспертиз (ЦСЭ) при Минюсте России, который представляет собой коллектив высококвалифицированных научных сотрудников и экспертов.

В декабре 1945 года приказом НКВД СССР научно-техническое отделение оперативного отдела НКВД СССР было реорганизовано в научно-технический отдел главного управления милиции НКВД СССР. И в составе НТО был создан Научно-исследовательский институт криминалистики (НИИК), который стал первым научно-исследовательским учреждением органов внутренних дел. НИИК возглавил Б. М. Комаринец, и первоначально в штате института работали 29 человек.

С 1950 года НИИК стал подчиняться непосредственно Главному управлению милиции, а в 1956-м на его базе был создан Научно-исследовательский институт милиции МВД СССР (впоследствии – Всесоюзный научно-исследовательский институт МВД СССР), на который возлагались научно-методическая работа, организация повышения квалификации экспертов, выполнение повторных и наиболее сложных экспертиз.

В связи с тем, что во ВНИИ МВД СССР основное внимание было сосредоточено на расширении научно-исследовательской работы и обеспечении методическими разработками основных направлений деятельности органов внутренних дел, в 1969 году было принято решение создать при Оперативно-техническом управлении МВД СССР практический орган – Центральную криминалистическую лабораторию (ЦКЛ). В 1977 году ЦКЛ была преобразована в Центральную научно-исследовательскую криминалистическую лабораторию (ЦНИКЛ) МВД СССР.

Наряду с научно-исследовательской, экспертная работа продолжалась и во ВНИИ МВД СССР. В 1983 году ЦНИКЛ вливается в состав ВНИИ МВД СССР и образует Научно-исследовательскую лабораторию № 6 (НИЛ-6) института. На этом преобразования не заканчиваются. Логика развития криминалистики и судебной экспертизы потребовала создания самостоятельного научно-практического подразделения в органах внутренних дел. В 1988 году НИЛ-6 выделяется из ВНИИ МВД СССР и становится Всесоюзным научно-криминалистическим центром МВД СССР (ВНКЦ). В 1992 году в связи с распадом СССР в МВД России происходит структурная перестройка и ликвидируется Экспертно-криминалистическое управление, осуществлявшее контрольно-методические функции в системе экспертных подразделений органов внутренних дел. Его управленческие отделы включаются в ВНКЦ, который преобразуется в Экспертно-криминалистический центр (ЭКЦ) МВД России.