В музее два отдела: отдел истории и отдел природы.

Все комнаты внутри особняка вытянуты в ряд, образуя анфиладу. Расположенный на первом этаже музея отдел истории знакомит с самобытной историей края с древнейших времён до начала ХХ века, местами обитания первобытного человека, образованием Согда, одного из древнейших государств Средней Азии, памятниками материальной культуры раннего, развитого и позднего средневековья, традиционной национальной культурой обычаями и обрядами народов края.

Притягивают на себя внимание интерьеры отдела истории. Стиль гостиной особняка модерн, элементы которого такие как витражи, ажурные металлические перила для лестничных клеток, нарядные печи причудливо сочетаются с резным деревянным потолком, расписаным масляными красками. Стены оформлены по технике «пардоз» т. е. многоплановой резьбой по ганчу. Привлекательны ганчевые панжара (решётки) в сочетании с витражами из цветного стекла. Отличаются изяществом отделки и неповторимым рисунком керамические печи. Нарядная, сияющая хрустальная люстра прекрасно сочетается с убранством мехмонхоны. В гостиной особняка выставлена мебель «стиля ампир» конца XVIII начала XIX века. По одной из версий, мебель могла принадлежать императору Наполеону и была привезена в Санкт Петербург императором Александром I и подарена одному из царедворцев.

Отдел природы располагается на втором этаже и знакомит посетителей с богатейшей флорой и фауной края. Здесь выставлены редкие гербарии и чучела диких животных.

Сегодня в экспозиции музея выставлено более 2000 экспонатов.

Из-за летного зноя парки и тенистые скверы в Средней Азии считаются настоящим спасением. Это понимал и великий правитель Амир Тимур. По его задумке Самарканд – столица его империи должен был стать самым красивым и величайшим городом мира.

Амир Тимур оставил много мудрых слов о здоровье природы и людей, благоустройстве пустынь и развитии земледелия. «…Я приказал построить мечети, медресе, ханака и бани в каждом городе, построить рабаты у дорог для иностранных путешественников и построить мосты через реки. У того кто улучшит пустыню, или озеленит сад только в третий год будет взиматься налог по закону».

В земледельческих оазисах Моваруннахра (так называлась раньше территория Узбекистана), в частности, в Зеравшанской долине, были построены десятки оросительных сетей, расширены сельскохозяйственные угодья. Были улучшены кладбище и святыни.

Канал Старый Анхор в Кашкадарьинской области был построен Амиром Тимуром в честь победы над султаном Баязидом. Историк Хафиз Абро пишет, что Амир Тимур, видя разрушение земледелия и развития в Мургобской долине в Хорасане (Территория нынешнего Афганистана), прорыл от реки 20 каналов и заложил основы земледелия и развития. По его приказу были построены мосты через Коак-Зарафшан, Амударью и Сырдарью. Также был прорыт канал из Сырдарьи и Охангарона. По приказу Амира Темура были проведены ирригационные работы в Бухаре, Самарканде, Шахрисабзе и Фергане. Подобные творения получили продолжение и в других регионах страны. Он построил 42-километровый канал в далеком Карабахе. Он построил 12 садов в городе Мугань в Азербайджане.

Во времена Амира Темура были созданы уникальные сады и даны им уникальные имена. Первые сведения о них можно найти в трудах историков, поэтов и путешественников прошлого. Также сады Амира Темура изображены на миниатюрах средневековых художников. Эти сады были двух типов по своей структуре:

• Чарбоги – геометрической (четырехугольной) формы, каждая сторона простирается на расстояние около 1 км. Канавы, проходящие через поверхность, делили их на 4 равные части. На каждом углу окружающих высоких стен стояла башня. В центре Дворец. Ворота таких садов строялись лицом к городу.