Е.В. Богдановичу пришлось пережить и трагическую смерть сына. В 1905 году его сын, тамбовский вице-губернатор Николай Евгеньевич Богданович, был убит террористом-революционером. От перенесенного горя Е.В. Богданович ослеп, но своей активной подвижнической деятельности не прекратил.
По своим политическим убеждениям Е.В. Богданович был православно-монархическим консерватором. По словам Л.А. Тихомирова, «вообще в политике он (Е.В. Богданович. – В.Ш.) был очень прост: нужен Царь, заботящийся о народе; народ честный, трудолюбивый, религиозный, любящий Царя; нужен порядок, нужно уважать власть; но нужно также заботиться о благе народа… Богданович любил царей той преданной, безграничной любовью, какую уже перестали понимать новые поколения моего времени. Но это не было холопство. В царе он любил свой идеал, и когда носитель идеала начинал его позорить, это причиняло жестокие муки старому генералу, он с этим не мирился и шел на протест и борьбу».
В 1913 году, по случаю празднования 300-летия Дома Романовых, Е.В. Богданович написал проект манифеста, краткое содержание которого он изложил в письме к императору Николаю II следующими словами: «Зачем тут дума, амнистия, патриаршество, конституция? Царь призывает на свой народ Божие благословение, и в дом каждого верноподданного – радость и веселие: и довольно, – и подпись, – и ура, всенародное ура за нашего Государя».
14 января 1909 года Е.В. Богдановичу, за его многолетнюю плодотворную деятельность на благо России, было назначено «тайное пособие». Председатель Совета министров России П.А. Столыпин писал Е.В. Богдановичу в письме 15.01.1909 г. по этому поводу: «…Во внимание к долголетней отлично-усердной службе, взамен аренды, пожизненное негласное пособие по 2000 рублей в год».
Евгений Васильевич Богданович умер в Ялте в 1914 году и был похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры в Санкт-Петербурге. Могила его, к сожалению, до настоящего времени не сохранилась. Святой праведный Иоанн Кронштадтский назвал Е.В. Богдановича «сеятелем доброго слова».
Одной из основных книг, написанных Е.В. Богдановичем, является фундаментальное историческое исследование «Наварин». Этот труд давно стал классическим, и без ссылок на него не обходится ни одна историческая публикация о подвигах русских моряков 1827 года на Средиземном море. Безусловно, что написание Е.В. Богдановичем «Наварина», и другой его книги – «Синоп» – было вызвано ностальгией автора по службе на Черноморском флоте, по юности, проведенной на палубах парусных кораблей, памятью о героях Наварина и Синопа, которых Е.В. Богданович помнил по совместной службе.
В 1827 году между Россией, Англией и Францией была подписана Лондонская конвенция 1827 года, согласно которой Греции предоставлялась полная автономия, однако Турецкая империя отказалась признавать конвенцию. Одновременно султан послал в Грецию карательную армию и флот Ибрагим-паши, который начал истребление греков. В целях противодействия турецкому геноциду в Средиземное море была послана эскадра Балтийского флота под командованием контр-адмирала Л.П. Гейдена. Одновременно против карательных действий турок выступили Англия и Франция. Однако Константинополь продолжил уничтожение греческого населения Пелопоннеса.