Поскольку основные укрепления мальтийских рыцарей располагались на восточном берегу Гранд-Харбора, Синам-паша стал на якорь в удобной соседней бухте Мерсамексет, прикрываясь от обстрела артиллерией главной базы мальтийцев в заливе Гранд-Харбор довольно высоким полуостровом Шиберрас.

По результатам рекогносцировки Синам-паша быстро пришел к выводу, что любая атака главных опорных пунктов рыцарей, расположенных в заливе Гранд-Харбор современных карт замков Святого Ангела и Святого Михаила без артиллерии не сулит успеха, но выгружать с кораблей тяжелые пушки на необорудованный берег в жару показалось предводителю пиратов слишком обременительным занятием, и, несмотря на возражения своего ближайшего помощника Драгута, Синам-паша ограничился лишь нападением на Триполи и соседний небольшой остров Гоцо, захватив в рабство практически всё его население порядка пяти тысяч человек. И мусульмане, и христиане понимали, что появление Синам-паши не было простым визитом вежливости, и готовились к предстоящим событиям со всей серьезностью и в полной мере. Они вовремя учли уроки 1551 года, начав строительство форта Святого Эльма на северной оконечности полуострова Шиберрас, как часть единой оборонительной системы Мальты.

Магистр ордена (в ту пору им был испанец Хуан де Омер) не только срочно приказал укрепить замки Святого Ангела на полуострове Биргу и Святого Михаила на соседнем полуострове Сангли, но и форт Святого Эльма на полуострове Шиберрас, орудия которого позволяли контролировать входы в бухты Мерсамексет на западе и Гранд-Харбор на востоке. Заканчивал подготовку к отражению мусульманского вторжения новый магистр ордена, выбранный на эту должность в 1557 году, уже отмеченный выше де Валетт, с успехом продолжавший пиратствовать в окрестных водах. Помощь с соседней Сицилии была ограниченной из-за голода, поразившего Италию одновременно с поражением христиан у острова Джерба в 1560 году от османского адмирала Драгута, увенчавшего свою победу пирамидой из черепов христиан, простоявшей три столетия, чтобы напоминать старую истину – горе побежденным. Сам Драгут, вскоре возглавивший турецкий флот, образно называл Мальту «змеиным гнездом христиан». Множество признаков подтверждали приближение военного столкновения в борьбе за архипелаг.

Крохотный архипелаг теперь оставался единственным чужим звеном в единой цепи морских коммуникаций мусульман на пространстве от Алжира до Босфора. Уже поэтому атака на него становилась вопросом времени, и возникшая задержка была связана с нехваткой гребцов на галерном флоте в Стамбуле, солдат для абордажного боя, продовольствия и даже боеприпасов. Все это пожирала мусульманская агрессия, сметавшая все на своем пути в направлении от Босфора до Дуная, первой жертвой которой стали Балканы.

Целый ряд признаков свидетельствовал о приближении решающего момента. Под видом рыбаков турецкие специалисты-саперы обследовали укрепления Мальты, в результате чего султан получил модель укреплений острова, на которой отрабатывал варианты атак вместе с будущими предводителями правоверного воинства полумесяца. С января 1565 года Стамбул вдруг оказался закрытым городом для иностранцев. В донесениях оттуда испанского посольства отмечалась лихорадочная работа на турецких верфях, лично контролируемых султаном. При этом для серьезной военной операции на Мальте требовались не только пушки и боезапас к ним, но и всё, чего нельзя было получить на Мальте – вплоть до воды и дров. По оценкам сведущих людей (в позднейшие времена называвшихся то шпионами, то разведчиками), указанные мероприятия обошлись Оттоманской Порте в треть годового дохода.