Как и другие ученики, обучавшиеся по этой программе, Мария должна была делать переводы с родного языка на латынь, а также писать сочинения в прозе, подражая приемам Цицерона и других великих ораторов. Процесс обучения предполагал знакомство с самыми разными сочинениями, в частности с философскими и этическими трактатами Платона и Аристотеля, работой Птолемея по географии и историческими трудами Плутарха и Ливия.

В совокупности эти элементы считались курсом профессионального обучения – эквивалентом (для будущего правителя) диплома в области делового администрирования. Последний этап, нечто вроде дипломной работы, состоял в том, что Мария должна была произнести речь на латыни перед членами семьи и всем королевским двором в большом зале Лувра. Большинство присутствующих, вероятно, поняли, о чем она говорила – в зависимости от того, насколько беглой и грамматически правильной была ее речь.

Образованием Марии занимались Екатерина Медичи, Диана де Пуатье и кардинал Лотарингский, которые подбирали преподавателей для юной королевы. Главная роль принадлежала Диане, которая и сама получила превосходное образование. Диана де Пуатье была известной покровительницей художников, писателей и поэтов, а также самым крупным покупателем классических и итальянских произведений искусства из коллекции Франциска I после его смерти, ценителем прекрасного, оказавшим наибольшее влияние на вкусы королевского двора Генриха II.

Мария изучала элементарную латынь и общие предметы под руководством Клода Милло и Антуана Фукелена. О Милло нам ничего не известно, за исключением его восторженных отчетов об успехах юной королевы и того факта, что она назначила его брату пенсию. Фукелен был автором известного трактата о риторике, «Французская риторика» (La rhétorique francoise), опубликованного в Париже в 1557 г. с посвящением юной ученице, в котором он прославлял ее способности и задатки.

Освоив азы, Мария присоединилась к дофину на уроках углубленного изучения латыни, которую преподавал Жак Амио, специалист по классическим языкам, назначенный Генрихом II наставником для своих сыновей. Одновременно с обучением королевских детей Амио готовил новое издание «Жизнеописаний» Плутарха – книга была опубликована в 1559 г. Возможно, он давал Марии письменные упражнения, основанные на собственных переводах, но скорее всего она впервые познакомилась с Плутархом по сокращенному изданию, или подстрочнику, сделанному Жоржем де Сельвом, бывшим учеником Пьера Дане, который преподавал Марии греческий.

Дане был знаменитым ученым, и Генрих II специально выбрал его для обучения дофина греческому. Дане входил в состав комиссии по реформированию Парижского университета и был учеником Гийома Бюде, ведущего французского интеллектуала эпохи Франциска I и блестящего лингвиста, самостоятельно выучившего греческий за несколько недель. Дане пытался копировать воодушевляющие методы своего учителя, и Мария тщательно штудировала «О наставлении государя» (De l’institution du prince) – классический сборник советов для правителя, основанный на идеях, почерпнутых у древних авторов. У нее был изящный экземпляр рукописи, который она привезла с собой в Шотландию вместе с другими вещами после смерти Франциска II.

Сочинения на латыни, написанные Марией в возрасте одиннадцати и двенадцати лет в тетради с кожаной обложкой, в настоящее время хранятся в Национальной библиотеке в Париже. Она должна была написать шестьдесят четыре коротких эссе на латыни на «темы», заданные учителями. Эти сочинения раскрывают круг ее чтения, который не назовешь всеобъемлющим, но который включал басни Эзопа, труды Цицерона и Платона, пьесы римского комедиографа Плавта и, самое главное, «Сравнительные жизнеописания» Плутарха.