Весной путешествие было прервано и закончилось трагедией. В апреле 1551 г. в Амбуазе раскрыли заговор с целью убийства юной королевы Шотландии. Один из бывших «кастильцев», захваченный французами после обстрела замка Сент-Эндрюс, продолжал мстить. Сменив имя, он поступил в шотландскую гвардию и получил доступ в королевские апартаменты. В его планах было убить юную королеву: подкупить повара и подложить яд в любимый десерт Марии – груши во фритюре. Но кто-то проговорился, и заговор раскрыли. Главный заговорщик сумел бежать в Ирландию, а оттуда в Шотландию, но его схватили и вернули во Францию, где его осудили и казнили за преступление против короны. Маленькая Мария, судя по всему, ничего не знала, или не придавала значения тому, что едва избежала смерти, однако ее мать так сильно разволновалась, что слегла в горячке.

Но полоса несчастий не окончилась. В сентябре на Марию де Гиз обрушилось настоящее горе – герцог Лонгвиль, ее единственный сын от первого брака, заболел неизлечимой болезнью и умер у нее на руках в Амьене. Ему еще не было шестнадцати. И снова Мария лично не присутствовала на похоронах. Вскоре после этой трагедии Мария де Гиз отправилась в Англию, чтобы затем вернуться в Шотландию. Все четверо ее сыновей умерли, и сердце ее было полностью разбито. Ее посещали мысли о том, чтобы остаться во Франции, – удалиться в монастырь или жить вместе с родственниками в Жуанвиле. Но она понимала, что сейчас ее долг – править Шотландией от имени своего единственного ребенка и всеми способами укреплять военный и династический союз с Генрихом II и Францией. Мария де Гиз должна была расстаться с дочерью. На прощанье она крепко обняла Марию – как оказалось, в последний раз. Больше они не увидятся.

К концу 1551 г. Мария заметно выросла. Ей было всего девять лет, но ее тетя, Анна д’Эсте, одна из самых образованных женщин при французском дворе и законодательница мод, указывала, что «с ней больше нельзя обращаться, как с ребенком». Мария уже не выглядела ребенком и разговаривала как взрослая. Каждый день «она становится все очаровательнее, приобретает хорошие манеры», «все больше соответствует… месту», которое она занимает и о котором ей не позволяют забывать. У нее уже огромный гардероб с платьями из самых лучших и дорогих тканей, а коллекция драгоценностей так велика, что для ее хранения требуется три латунных сундука и несколько шкатулок.

За несколько лет пребывания во Франции Мария выучила новый язык, строгие и сложные правила придворного этикета, научилась видеть эстетику красоты и обрела хороший вкус. Все эти годы семья де Гиз успешно защищала ее права на престол. Но постепенно значение этих прав изменилось. Будущее Марии теперь было тесно связано с «франко-британской» идеей – из наследника династии Стюартов она превратилась в ключевую фигуру всего династического замысла Валуа. Шествия и картины, которые Мария наблюдала в Руане, должны были заронить в ее душу знание, что, будучи королевой Шотландии и следующей в династии королевой Франции, она также должна стремиться стать будущей королевой Англии.

После того как мать королевы Марии вернулась в Шотландию, ее дядя Шарль, кардинал Лотарингский, самый дерзкий и опытный политик при дворе Генриха II, принял на себя роль ее наставника. Через несколько лет он стал самой влиятельной фигурой в свите юной королевы. Такая смена ролей была не внезапной, но постепенной, и началась в тот момент, когда Шарль обезоружил сестру, вынудив ее заявить, что «никто, кроме Вас самой или того, кому Вы делегируете полномочия, не должен иметь власти над Вашей дочерью». Единственный член семьи Гизов, который почти все время находился при Генрихе II, когда королевский двор перемещался по долине Луары из королевского дворца в охотничьи угодья и обратно, а также на всем пути от столицы в провинции, Шарль использовал это преимущество для усиления своего влияния. Такая ситуация устраивала всех, и он отправлял сестре регулярные отчеты о здоровье, образовании и финансах своей племянницы.