С началом перестройки сильную общественную тревогу вызвало раскрытие в ходе строительных работ белокаменных опор Кузнецкого моста (архитектор Ухтомский) в 1987 г. и Воскресенских ворот на Красной площади в 1988 г., произведённые без организации археологических исследований. Острый конфликт, возникший между строителями и заинтересованной общественностью, привлёк внимание прессы и всего города. Для организации охранных археологических исследований, как говорили тогда, в составе Института археологии Российской академии наук была создана Московская археологическая экспедиция. Исполкомом Моссовета (преемником которого является Правительство Москвы) были приняты постановления о сохранении археологического наследия, для чего было создано специальное археологическое подразделение – Центр археологических исследований, руководимый главным археологом Москвы А.Г. Векслером. Организованные правительством Москвы в 1993–1995 гг. раскопки на Манежной площади, где было исследовано более 30 тыс. кв.м, дали выдающиеся результаты. Институт археологии Российской академии наук и Музей Московского Кремля в 2007 г. впервые за многие годы провели полномасштабные раскопки в Тайницком саду Московского Кремля на площади более 800 кв.м.

Таким образом, мы видим, что основные археологические открытия в Москве совершались в рамках крупных строительных или хозяйственных проектов. Действительно, любое поселение не может жить, не возводя новые здания, не поддерживая в исправном состоянии инженерные системы. Однако городам, имеющим многовековую историю, необходимо при этом заботиться и о сохранении археологических свидетельств прошлого. Поэтому вместе со строителями на объекты выходят и команды археологов. В законодательстве такие исследования, предваряющие строительство, именуются «спасательные археологические работы». Под словом «спасение» понимается прежде всего сохранение уникальной научной информации, находящейся в археологических артефактах и руинах. Без этих немых свидетелей история однобока и тенденциозна, а древние периоды вообще выпадают из сферы внимания.

С 2015 г. в Москве осуществляется уникальная программа «Моя улица». Масштабные работы по благоустройству улиц и реконструкции инженерных коммуникаций не могут не сопровождаться археологическими исследованиями. Цифры свидетельствуют: с 2015 по 2017 г. реконструированы или заменены 48 км газовых сетей, 82 км водопроводных сетей, 6 км водосточных сетей, более 7,5 км канализационных сетей. Работы по восстановлению канализационных сетей выполняются бестраншейным методом (протяжка полиэтиленового трубопровода с разрушением существующего с применением пневмоударных машин) по 43 адресам города.

Осенью 2020 года был завершён монтаж экспозиции «Музея археологии Чудова монастыря», созданной на основе археологических остатков, обнаруженных во время раскопок на месте Чудова монастыря в Московском Кремле. Работа над этим проектом велась при непосредственном участии специалистов Института археологи РАН. Главный экспонат созданного в результате этих работ музея – перекрытая стеклянным полом поверхность XII в. со следами усадеб и жилищ, котлованами погребов, следами огородов и частокола домонгольского времени. Рядом находятся фундаменты монастырских построек XV–XVI вв., строительные остатки древнейшего собора 1365 г. и белокаменные саркофаги монастырского некрополя. Все экспонаты – подлинные вещи различных эпох, найденные при раскопках 2016–2017 гг. на месте Чудова монастыря или сохранённые в фондах Музеев Московского Кремля после сноса монастыря в 1929 г. В ноябре 2020 года экспозиция была показана президенту России Владимиру Путину.