А до этого партийные вожди занимались перетряхиванием органов госбезопасности. Параллельно с их «очищением» от «троцкистов и неблагонадежного элемента», ими была затеяна реформаторская чехарда. 3 февраля 1941 г. на заседании Президиума ЦК ВКП(б) было принято решение о разделении НКВД на два наркомата. В частности, принятым постановлением предписывалось:

Из единого ведомства были выделены все разведывательные, контрразведывательные и оперативно-технические службы Главного управления государственной безопасности и сведены в НКГБ СССР. В целом, то было оправданное, но крайне запоздалое решение. К тому времени монстр НКВД, распустивший гигантские щупальцы ГУЛАГа от Бреста до Владивостока, превратился в громоздкую и неповоротливую махину, которая работала больше на внутренние, политические нужды советских вождей, чем на обеспечение внешней безопасности государства. Организационная перестройка затянулась на несколько месяцев. На Лубянке между наркоматами развернулась «кабинетная война»: делились этажи, кабинеты и «враги народа», никто не хотел остаться безработным. Вновь назначенные начальники тянули к себе «своих» и «топили чужих».

Следующий шаг по реорганизации органов госбезопасности еще больше ослабил их боеспособность в таком важном звене, как военная контрразведка. Постановлением Правительства Союза ССР от 8 февраля 1941 г. Особый отдел ГУГБ НКВД СССР, на который возлагались задачи по «. борьбе со шпионажем, диверсией, вредительством и всякого рода антисоветскими проявлениями в Красной Армии, а также информирование высших инстанций о состоянии войск», был выведен из состава НКВД, преобразован в 3-е управление и переподчинен наркому обороны и наркому Военно-морского флота. В результате военная контрразведка превратилась в «карманную» при командирах и во многом зависела от их воли.

Теперь все назначения, даже оперативного состава, начиная с оперуполномоченного полка, утверждались приказами по военным ведомствам. Кроме того, вывод Особых отделов из единой системы обеспечения государственной безопасности тут же резко сказался на результативности их работы по таким основным направлениям, как агентурное проникновение в спецслужбы противника и борьба со шпионажем.

Под нажимом войсковых командиров, не представлявших содержания оперативной деятельности, произошло резкое смещение акцентов в работе особистов от контрразведки в сторону хозяйственно-бытовых проблем. Теперь им больше приходилось заниматься проверкой продовольственных складов и расследованием банального воровства, что вело к их профессиональной деградации. К этому дополнительно примешивался и личностный момент: те из командиров, кто пережил массовые репрессии 1937–1938 гг., теперь стремились сполна отыграться на особистах за свои прежние страхи и зачастую ставили их в строй или гоняли как «сидоровых коз» на учебных полигонах.

Ошибочность этого решения для партийных вождей стала очевидна уже через несколько месяцев. В результате такой реорганизации они потеряли один из важнейших каналов контроля за стержневым государственным институтом – армией и флотом – и одновременно лишились объективного источника информации об истинном положении в войсках. В тот период в высшие партийные инстанции от командования, в основном, поступали бравурные доклады: «…Броня крепка, а танки наши быстры».

Так долго продолжаться не могло. Война стучалась в ворота СССР. Оперативная обстановка, особенно на западных границах, стремительно осложнялась и требовала пересмотра принятого решения в отношении военной контрразведки и внесения корректив в ее работу. Спустя два месяца после февральского постановления правительства, 19 апреля 1941 г. было принято новое совместное Постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР о 3-х управлениях НКО и НКВМФ – военной контрразведке.