Российская налоговая система создавалась в начальный период преобразований общественного строя, экономики и государства на фоне длительной финансовой нестабильности. Принципиально новый механизм сбора, распределения и перераспределения государственных доходов закономерно вобрал в себя недостатки и противоречия переходной эпохи. Явными изъянами налоговой системы в начале реформ были: правовое несовершенство и запутанность налогообложения, непредсказуемость и нестабильность налогового законодательства, слишком большое количество налогов и сборов, неоптимальные налоговые ставки, жесткость норм ответственности за малозначительные налоговые нарушения. Наряду с другими причинами это повлияло на сокращение инвестиций в промышленность, приводило к массовым неплатежам налогов и сборов, нарастанию задолженности производственных компаний перед бюджетом, росту теневого сектора экономики.

40–50 крупнейших российских компаний к середине 1990-х гг. «обеспечивали» до 80 % недоимки в бюджет. Налоговая база в указанный период сокращалась, причем именно в наиболее богатых экспортных отраслях. Операции с налоговой недоимкой стали самостоятельным и высокоприбыльным видом бизнеса. Лишь с 1999 г. можно говорить об успехах Правительства РФ в налоговой сфере, которые (вместе с девальвацией рубля) были связаны в основном с ростом мировых цен на нефть, газ, минеральные удобрения, черные и цветные металлы.

Убыточность и наличие долгов перед контрагентами и бюджетами различных уровней, как правило, отражают вывод ресурсов не только за рубеж, но и за пределы данного хозяйствующего субъекта. Система неплатежей, сложившаяся в российской экономике, является важным элементом обслуживания данного механизма сокрытия доходов. Экономический кризис, высокая степень субъективизма в государственной финансовой политике и низкий уровень налоговой культуры как у налогоплательщика, так и у законодателя предопределили значительные колебания в структуре налоговых поступлений. Так, в платежах, контролируемых МНС, в период 1992–2000 гг. доля подоходного налога составляла от 9 до 14 %, НДС – от 25 до 43 %, налога на прибыль – от 19 до 44 %, акцизов – от 4 до 12 %, а имущественных налогов – от 1 до 8–9 %.[40]

Значительный позитивный эффект на производственные компании оказало снижение с 2001 г. оборотных налогов – на содержание жилищного фонда и на пользователей дорог. Уменьшилось налоговое бремя в промышленности на 8,5 % добавленной стоимости, в строительстве – на 7,3 %, на транспорте – на 5,8 % добавленной стоимости. Окончательная отмена указанных налогов с 2003 г. дополнительно снизила нагрузку в этих секторах еще на 3 %, 2,5 % и 2 % добавленной стоимости соответственно. Снижение ставки оборотных налогов (начислявшихся на всю денежную выручку независимо от издержек производства) на 3 % в 2001 г. было эквивалентно уменьшению нагрузки на 5–7 % добавленной стоимости для топливной промышленности и цветной металлургии; на 10–13 % добавленной стоимости для перерабатывающих отраслей – химии и нефтехимии, машиностроения, пищевой промышленности.[41]

Вместе с тем из-за непоследовательности налоговой политики в 2002–2003 гг. не были достигнуты намеченные цели в ходе реструктуризации кредиторской задолженности юридических лиц перед федеральным бюджетом по налогам и сборам, а также начисленным пеням и штрафам. К началу 2003 г. налоговыми органами почти 65 тыс. организаций было предоставлено право на проведение реструктуризации на общую сумму более 378 млрд руб. Однако уже в 2003 г., например, в Республике Адыгея аннулировано около 65 % ранее принятых решений. В Калмыкии и Таймырском автономном округе – более 50 %. Всего отменено решений о реструктуризации на сумму почти 40 млрд руб. В федеральный бюджет недопоступило более 320 млрд руб., или 84 % от реструктуризированной суммы задолженностей.