Казачий Дон пытался следить за сохранением своего квазисуверенитета и собственного войскового права, но истощенное пятилетним «азовским сидением» донское казачество было вынуждено просить о военной и материальной помощи Москву. Дон впервые согласился на посылку в свой край вспомогательных войск. Однако Москва была еще не в состоянии затрагивать самостоятельность войска во внутренних делах. На Дону по прежнему функционировало специфическое войсковое право (т. н. обычное право) – комплекс неписаных положений, обычаев, регулирующих деятельность круга, атаманов, предельно упрощенное судопроизводство и наказания провинившихся. Причем наказания по войсковому праву отличались крайней жестокостью – за большинство нарушений полагалась смертная казнь («мешок на голову и в Дон»).

Московское право, как правило, не распространялось на донских казаков. «Соборное уложение» 1649 г предусматривало наказания только служилым городовым казакам. Находившиеся в Москве в составе посольств («зимовые станицы») казаки пользовались полной неприкосновенностью и имели дело исключительно с Посольским приказом. Более того, все находившиеся на территории Войска Донского представители Московского царства подлежали «казачьему присуду». Свою политическую обособленность они традиционно подчеркивали принципиально важным смысловым выражением: «Здравствуй Царь в кремлевой Москве, а мы казаки – на Тихом Дону!» Это было неписанное общепринятое правило, означавшее по своему смыслу независимое от Москвы существование Донского казачества. Особой, не менее принципиальной чертой донского войскового права была возможность политического, социального и религиозного убежища всех беглых и изгнанных, что выражалось в чеканной неписанной формуле «С Дона выдачи нет!» Принимая беглых крестьян, казаки вызывали бурное негодование русских бояр, требовавших от правительства прекращения сложившейся практики укрывательства на Дону. Однако политическая необходимость и слабость государства после Смуты вынуждали Москву временно мириться с существованием донской, республиканской по характеру, казачьей государственности с совершенно чуждыми ей социальными порядками равенства и военно-демократического народоправства. Вопрос ликвидации таких альтернативных устоев и порядков был вопросом времени.

Во второй половине XVI в. на Дону начался социально-экономический кризис, вызванный неожиданно возникшей перенаселенностью Донского региона. Церковный раскол 1666 г. вызвал поток гонимых староверов на Дон. Андрусовское перемирие, расколовшее Украину на две половины, также стимулировало эмиграцию на Дон. Наконец, ужесточение феодально-крепостнических порядков в России, зафиксированное в Соборном уложении 1649 г., усилило традиционный выход крестьянства на Дон. В результате обострились социальные противоречия между зажиточным, «домовитым» казачеством, ориентировавшимся на Москву, и «голутвенным», беднейшим, а также «воровским» казачеством, которое резко выросло в количественном отношении. Природные ресурсы региона оказались не в состоянии обеспечить рыбой и зверем прибывших поселенцев, которым согласно традиционному войсковому праву было запрещено заниматься земледелием. Возникшая крайняя скудность жизни, доходящая до голода, вынудила «голутвенное» и «воровское» казачество осуществить грабительские походы на персидские берега Каспия. Поход на Москву отряда Василия Уса, набеги казачьей группировки Степана Разина на персидские земли в 1667–1670 гг. стали типичными разбойничьими походами «за зипунами». Правительство решило прекратить любой ценой такие разбойничьи походы, которые подрывали как внешнюю политику страны, так и ее экономическое положение. Казаки, напротив, решили выступить против «изменников бояр», посягнувших на исконные права казачества как защитника Руси от «басурман». Царская власть учитывала разницу интересов коренного и пришлого казачества, поощряя старшин, более обеспеченных казаков-«низовцев» (проживавших на Нижнем Дону) и ограничивая «верховых». Жалованье царя распределялось в основном среди «низовцев», которые в ответ принимали участие в походах против бунтующих казаков. Ю. Д. Гражданов подчеркивает характерный факт: в 1698 г. верхушка донского казачества пыталась навязать промосковскую позицию Яицкому войску, за что посланцы с Дона были здесь казнены по старому казачьему обычаю [24].