Поскольку позиция настоятеля резко расходилась с точкой зрения посольства, его перевод в другое место стал необходимостью. Афины, в которых не нужно было иметь дело с национальными конфликтами православных народов, для грекофила архимандрита Петра оказались очень подходящим местом. Уже по приезде туда он написал другую записку, в которой подчеркивал, что в случае «отделения Церкви Болгарской от Греческой будут обоюдные потери. Теряет Церковь Греческая свое величие, силу, массу, – не хочу упоминать о суетных выгодах. Но и имеющая отделиться Церковь Болгарская ничего от того не приобретает, теряя вместе с тем и все то, что теряет Церковь Греческая: теряет величие, поелику новая не имеет опыта и единомыслия, теряет массу, поелику остается со своей, крайне невежественной».[37] В заключение архимандрит Петр сравнивает будущее положение отделившейся Болгарской Церкви с положением раскольников в России, – сравнение, которое и впоследствии приводилось некоторыми исследователями греко-болгарского вопроса. Позиция константинопольского посольства подвергалась с его стороны резкой критике: «Страшной, уродливой ненавистью к иерархам греческим заражено наше молодое посольство», – писал он митрополиту Филарету Дроздову.[38] Митрополит Филарет не находил в мнениях о. Петра особого пристрастия к грекам. Предубеждение же его против посольства, с которым он сам нередко вступал в полемику, считал недостойным уважения и опасным.[39]

Несогласие во взгляде на болгарский вопрос между МИДом и Св. Синодом ставило русское посольство в очень сложное положение. Митрополит Филарет считал любое вмешательство России в распрю мерой безнадежной и потому бесполезной и рекомендовал полное самоустранение России из происходящих событий. Не сочувствуя резким шагам болгар, и в частности пасхальной демонстрации, посольство в целом поддерживало требования болгар и считало их справедливыми. Духовное ведомство между тем подвергало депеши посланника резкой критике, что сковывало его инициативы. «Поставленные между здравым, вполне православным политическим воззрением министерства и строгой безысходностью нашего духовного начальства, мы теряем всякую свободу суждения и действия. Две почты сряду привозят нам положительные протесты духовного начальства против образа действий миссии в здешних церковных делах. И этот голос подается тогда, когда дело зашло уже так далеко, что миссии трудно, не уронив своего достоинства и нравственного влияния, дать ему другое направление: подается притом не в виде положительного наставления, как должно действовать, а в виде сетования Церкви о ничем не вознаграждаемых ошибках», – жаловался советник константинопольского посольства Е. П. Новиков.[40] Российская дипломатия, продолжал в том же письме Новиков, должна выполнять на Востоке функции одновременно религиозные и политические. Если западные державы имеют себе помощников в лице независимо действующих католических и протестантских агентов, то «в пределах православных и старших по чину Патриархатов, нет места самостоятельной деятельности духовной русской пропаганды, судьбы Православия, начала родного нам и по духу, и по национальному чувству, предоставлены исключительно произволу греческого духовенства, которое ласкает Россию не потому, что любило ее, а потому, что боится ее, и которое, под именем веры, желало бы подчинить нас своему Византийско-Еллинскому воззрению. С таким странным союзником, с которым судьба велит нам идти рука об руку, для поддержания духовного единства нашего с Востоком, – суждено нам возделывать здесь православную ниву и вместе с тем проводить наше политическое влияние».