Намерение Патриарха предать митрополита Илариона отлучению вызвало сильную тревогу в Петербурге. В самом начале 1861 г. Иоакима II посетил посланник Лобанов-Ростовский. Из его краткого донесения от 5 января понятно, что Патриарх настаивал на том, чтобы сохранить любой ценой полноту своей власти; он никак не мог согласиться с тем, чтобы болгарский митрополит встал во главе других болгарских архиереев. Единственное, что Иоаким мог допустить, – это выборность архиереев и частичную финансовую самостоятельность болгарских епархий.[52] Визит Антонина к Патриарху 20 января 1861 г. показал, что ссылка Илариона неизбежна. «Направил стопы свои к Вселенскому Патриарху, с которым и имел продолжительную беседу о делах болгаро-греческих. Хитрый и у прямый до самого краю старик! Не подается нисколько. Илариону не миновать ссылки», – комментирует он в дневнике.[53] В Петербурге разрабатывался план составления особого письма к Патриарху от Св. Синода с предупреждением против решительных шагов. В этой острой ситуации обер-прокурор выступление против греков считал особо опасным.[54]

Точка зрения митрополита Филарета была близка к позиции А. П. Толстого. Углубление греко-болгарских противоречий к началу 1861 г. и особенно действия болгар в пользу унии привели московского митрополита к убеждению, что Русская Церковь не должна выступать более официальным посредником в деле примирения. «Мысль о том, чтобы архимандрита Антонина употребить скромным посредником, была представлена прежде с большею надеждою, нежели ныне. И теперь можно поручить архимандриту Антонину изъяснить разделенным сторонам крайнее сожаление российской иерархии о происшедшем разделении (…) и искреннее желание, чтобы единение и мир церковный восстановлены были посредством взаимных уступок. Но он должен быть только конфиденциальным, а не официальным действователем, по той предосторожности, чтобы невнимание к официальному доверенному лицу Российской Церкви не уменьшило мира, который она старается умножить».[55] Тем более с крайним неодобрением отнесся Филарет к идее командирования в Константинополь особого миротворческого посольства от Русской Церкви во главе с епископом. Помимо щекотливого положения такого епископа в каноническом отношении, подобная акция несомненно была бы истолкована в политическом смысле.[56]

24 февраля 1861 г. в Патриархии был официально оглашен патриарший акт об отлучении болгарских митрополитов Илариона, Авксентия и Паисия. На том же соборе Патриархия выступила с проектом урегулирования болгарского вопроса (так называемые «15 пунктов»), который предусматривал учитывать при назначении архиереев национальный состав паствы и не препятствовать использованию славянского языка при богослужении. Болгарский митрополит Паисий ответил на собор ответным отлучением Патриарха Иоакима.[57] «В Фанаре был сегодня случай, редкий в церковных летописях, – писал по поводу собора архимандрит Антонин. – В Патриархии собрались 6 Патриархов и 25 митрополитов для суда над отщепенцами Иларионом, Авксентием и Паисием Филиппопольским. Илариона три раза звали на собор, но он не пошел. Вслед за тем было произнесено соборное низложение его, отлучение от Церкви и приговор к заточению. Той же участи подпали и два другие архиерея. Замечательно, что Паисий – грек. Теперь-то начнутся истории! Болгаре несомненно вступятся за своего „священноначальника“ и поднимут шум на весь Константинополь. Итак, все наше усилие примирить враждующих оказалось = 0!»[58] Несомненно критически относящийся к поведению Патриарха, Антонин был при этом далек от сочувствия болгарам. «Нет, видно в наше, всему посмеивающееся, время церковные наказания всего лучше держать под спудом», – писал он после известия о служении Илариона вопреки запрещению 26 февраля 1861 г.