В конце XVII столетия пред единодержавием Петра дворец достиг самого цветущего состояния, до какого не достигал он ни в одно из предыдущих царствований. В это время его обширность и относительное великолепие вполне выразили характер древней царской жизни во всем ее блеске и царственном просторе, и с этого же времени начинается постепенное его запустение и разрушение. В год смерти последнего старинного московского царя Ивана Алексеевича, в то время, как Петр работал под Азовом, 6 июня 1696 г., на дворце сгорели государевы хоромы: выгорело все без остатка, по свидетельству Желябужского. В 1701 г., 19 июня, новый пожар опустошил весь Кремль. В тот день, как записал один современник, «в 11 часов в последней четверти волею Божиею учинился пожар в Кремле-городе, загорелись кельи на Новоспасском подворье, что против задних ворот Вознесенского монастыря. И разошелся огонь по всему Кремлю, и выгорел Царев двор весь без остатку: деревянные хоромы и в каменных все нутры, и в подклетах и в погребах запасы и в ледниках питья и льду много растаяло от великого пожара, ни в едином леднике человеку стоять было невозможно; и в каменных сушилах всякие запасы… и Ружейная Полата с ружьем; и Мастерские Государевы полаты… святые церкви, кои были построены вверху и внизу в государеве доме, кресты и кровли и внутри иконостасы, и всякое деревянное строение сгорело без остатку… И набережные государевы полаты, и верхние и нижние, кои построены в Верхнем Саду, выгорели… И все государевы Приказы и многие дела и всякая казна погорела… Кто ни был живущие в Кремле, все без остатку погорели…». Старина истреблялась старым же ее губителем – пожаром, от которого теперь особенно пострадал Задний государев двор, большею частию жилые и служебные постройки, именно Теремный дворец, каменные хоромы царевен и все здания, прилегавшие к Патриаршему двору и к Троицкому подворью; также деревянные хоромы, стоявшие подле Терема, и большой корпус с дворцами Сытным, Кормовым и Хлебенным. Хотя каменные здания и были возобновлены, но погорелые их стены не были уже столько прочны, так что через полстолетие пришли в совершенную ветхость и были разрушены по необходимости прежде других старинных зданий. Живые следы этого пожара в дворцовых зданиях оставались еще и в 1722 г.
Расположение дворца, сохранив первоначальные древнейшие черты, получило в XVII столетии при увеличении царского семейства более широкие размеры. Мы уже имели случай заметить, что все здания государева дворца соответственно их назначению составляли три особые отделения: постельные, или жилые, хоромы, палаты, или парадные залы и, наконец, все здания, в которых помещались различные заведения царского хозяйства. Во второй половине XVII столетия жилые летние покои государя находились в нынешнем Теремном дворце, а зимние – в деревянных хоромах, стоявших подле Терема, одни у церкви Рождества Богородицы, другие у церкви Живоносного Воскресения; с этой же восточной стороны Терема в разных местах стояли деревянные хоромы цариц и царевичей и больших и меньших царевен. Большие палаты, Грановитая, Золотая и др. примыкали к площади между соборами, а все хозяйственные здания расположены были в разных местах вокруг дворца, так что весь юго-западный угол Кремля – от Тайницких и до Троицких ворот – занят был дворцовыми строениями. Точное определение местности различных зданий царского дворца представляет величайшие затруднения по недостатку древних чертежей. Чертежи, хотя и деланные обыкновенно от руки, по глазомеру, составлялись и в то время по случаю каждой постройки, а тем более значительной, каковы были каменные палаты и другие подобные здания. Есть свидетельство, что в 1686 г. составлялся общий чертеж всему дворцу, «всем государским хоромам, палатам и всяким зданиям, которые в Кремле на их государском дворе». К сожалению, этот чертеж не сохранился или, по крайней мере, неизвестен нам. Недавно мы получили возможность воспользоваться копиями с чертежей, составленных в 1751 г. Эти копии, не имеющие, однако, подробной описи, принадлежат ныне Историческому музею и представляют драгоценнейший памятник кремлевской дворцовой старины, который во многом с точностью выясняет, отчасти исправляет, отчасти подтверждает прежние наши разыскания по этому предмету.