В истории государева дворца царствование Алексея Михайловича замечательно более потому, что с этого времени в царский дворец вошло много разных улучшений, которые дотоле или весьма мало, или даже вовсе не были известны. Важные последствия в этом отношении принесла польская война 1654–1667 гг., когда царь сам лично «поволил итти на недруга своего и супостата, польского и литовского короля Яна Казимера, за его многие неправды и за крестопреступление». Счастливое начало этой войны довольно известно. Войска, воодушевляемые личным присутствием царя, взяли – кроме многих других, менее значительных городов – Смоленск, Витебск, Могилев, Полоцк, Вильно, Ковно, Гродно; пребывание царя в некоторых из этих городов, и особенно в Вильно и Полоцке, познакомило его с образом жизни совершенно новым. По свидетельству Коллинса, царь с этого времени стал преобразовывать двор, завел даже театр, как мы упоминали. Вызвав из всех посещенных им городов многих ремесленников и художников, он употребил их искусство и труды особенно на украшение своего дворца, для чего и причислил их всех к замечательному в то время дворцовому художественному и ремесленному заведению, известному более под именем Оружейной палаты, из которой они получали весьма достаточное содержание. Сверх того, государь отдал им в науку русских учеников, которых они должны были выучить всему, что сами знают. С этого времени характер украшений дворца во многом изменился. Внутри дворца появились обои (золотые кожи) и разного рода мебель на немецкий и польский образцы. Характер резьбы по дереву, столько употребительный во всех внутренних и внешних украшениях дворца, также изменился. Обыкновенную русскую резьбу по одной только поверхности дерева заменила фигурная немецкая резьба во вкусе немецкого рококо, как можно судить по дошедшим до нас памятникам из домашней утвари того времени.
По смерти Алексея Михайловича продолжателем всех его начинаний в отношении устройства и украшения дворца в новом характере был сын его, царь Федор, который в недолгое царствование, продолжавшееся с небольшим 6 лет, по выражению надписи на его портрете, преизрядчо обновил дворец и расширил новыми постройками. Новые отделения во дворце были необходимы. Царь Алексей Михайлович оставил после себя многочисленное семейство, которое еще при нем требовало более обширного помещения. По вступлении же на престол сына его Федора, занявшего жилище своего отца, потребовалось отделить особые хоромы для вдовствующей царицы Натальи Кирилловны с малолетним ее сыном – царевичем Петром. Поэтому замышляли, по проискам сторонников царевны Софьи и родичей дома Милославских, выселить царицу с царевичем Петром из старого ее помещения, находившегося возле Теремного дворца с северной его стороны, на внутреннем или Заднем дворе дворцовых зданий. 26 октября 1677 г. уже последовал царский указ построить царице и царевичу новые хоромы на месте двора боярина Семена Лукьяновича Стрешнева