Ещё будучи студентом, Даукантас подготовил свой первый труд по истории Литвы «Darbai senųjų lietuvių ir žemaičių» («Деяния древних литовцев и жемайтов», 1822). В своем повествовании Дауканас при передаче топонима ориентировался на версию Punie, которую в свое время принял Шлёцер. Современный литовский исследователь Витаутас Меркис подсчитал, что в этом работе Даукантаса из 245 ссылок 89 относятся к произведениям фон Коцебу, 62 – Альберта Виюка-Кояловича, 29 – Николая Карамзина, 15 – Антония Глебовича, 10 – Теодора Нарбута[247]. Также в сюжете о Пиленах Даукантас опирался на работы фон Коцебу и Виюк-Кояловича. В наррации Даукантаса была усилена морально-психологическая составляющая, подчеркнуто желание литовцев умереть, но не стать рабами крестоносцев. Автор позволил Маргеру (Маргирису) сказать: «Пусть невинная кровь льется на головы этих кровопийц, отнимающих у нас свободу, данную самими богами». И добавил: «Мы благодарим небеса за то, что сегодня мы можем умереть на свободе, несмотря на то, что нас угнетают». Проблема в том, что «Darbai senųjų lietuvių ir žemaičių» при жизни Дауканаса так и осталась в рукописи[248] и была опубликована только в XX в. [249]
Та же участь постигла и другой историографический труд Даукантаса, где он описал события под Пи ленами, – «Istorija źemaitiśka» («Жемайтская история»)[250], созданный в 1831–1834 гг. В этой работе автор уже использовал топоним Pylene. Отличительной чертой наррации Даукантаса было то, что, признавая расположение замка Пилены в Жемайтии, автор стремился показать региональную историю Жемайтии как части интегральной истории Литвы, как братьев Литвы и Жемайтии: «broliu Letuiu ir Zemaitiu». «Istorija źemaitiśka» свидетельствует об эволюции историографического метода Даукантаса и изменениях в цитировании. Всего в работе содержится 320 ссылок, число разных авторов выросло примерно до 70 и это были, преимущественно, немецкие историки. Но произошел существенный сдвиг в частоте упоминаний работ: фон Коцебу (18 упоминаний) выпал из фаворитов, а приоритетным стал Йоганнес Фойгт (75 упоминаний)[251]. С точки зрения репрезентативности базы источников «Istorija źemaitiśka» уже свидетельствовала о большей зрелости Даукантаса как историка. Помимо заимствований из других работ историописания, Даукантас непосредственно работал со средневековыми нарративными источниками и ссылался на них – на Ливонскую рифмованную хронику, Хроники Виганда Марбургского, Петра Дуйсбургского, Лукаса Давида.
Также в рукописи остался ещё один труд Даукантаса «Pasakojimas apej wejkałus letuwiu tautos senowie, kuri trumpaj apraszia Jonas Ejnoras metuse 1859» («История про древний литовский народ, кратко описанная Йонасом Эйнорасом в 1859 г.»)[252], в котором эпизод о Пиленах был основан на публикациях Фойгта. Из четырех историографических работ Даукантаса при его жизни была издана только одна, подготовленная им в Санкт-Петербурге: «Budą Senowęs Lietuwiu kalneniu ir Żemaitiu» («Обычаи древних литовцев, горцев и жемайтов»; под «горцами» тут понимались аукштайты). Этот труд вышел под псевдонимом «Якуб Лаукис». Сюжет о Пиленах здесь был самым коротким по сравнению с другими произведениями Даукантаса и содержал лишь краткую сводку событий