Его кафедра функционировала в прежнем режиме, только вместо Черинова, избранного в 1869 году приват-доцентом по кафедре врачебной диагностики и пропедевтической клиники, лабораторией заведовал сверхштатный лаборант Павлинов. Надо полагать, что директор факультетской терапевтической клиники приглядел для себя Павлинова ещё в 1867 году, когда тот, студент четвёртого курса медицинского факультета, был удостоен золотой медали за реферат на тему «Химический анализ крови и критический разбор методов анализа крови».126 Позднее Захарьину пришёлся по нраву студент Остроумов. По завершении «курса наук» Остроумов на протяжении почти четырёх лет «принимал участие в клинических занятиях» под испытующим присмотром Захарьина.127

Через пять месяцев после возвращения Захарьина из зарубежной командировки уровень его популярности в Московском университете поднялся так высоко, что 25 января 1871 года он был единодушно избран президентом (председателем) Физико-медицинского общества. В качестве главы этого старейшего и первого в Российской империи медицинского общества он присутствовал на всех его заседаниях вплоть до второй половины октября 1871 года, дважды выступал с небольшими сообщениями (одно – о пульсе печени, другое – о желчных камнях и печёночной нервной боли) и даже согласился занять кресло ответственного редактора запланированного коллегами еженедельника. Однако ни в ноябре, ни в последующие месяцы он не посетил ни одного заседания общества.128

Тем временем в Московском университете стало известно, что в ноябре 1871 года Захарьин решился на операцию «вытяжения седалищного нерва» в связи с упорной ишиалгией и, по возникшим значительно позднее слухам, поступил с этой целью в частную лечебницу доктора Кни. Но доктор Кни, по сообщениям прессы, основал свою хирургическую лечебницу в Большом Кадашевском переулке на Ордынке только в 1880 году.129 Так что на самом деле неизвестно, где Захарьина оперировали – в Москве, в Петербурге или в какой-нибудь заграничной клинике.

Затянувшаяся болезнь Захарьина вынудила медицинский факультет 15 января 1872 года обратиться к университетской администрации с ходатайством: «В истекшем семестре текущего академического года профессор Захарьин занемог и до сих пор ещё болен. для того, чтобы преподавание в терапевтической факультетской клинике не прерывалось, факультет, согласно с заявлением профессора Захарьина, имеет честь покорнейше просить Университетский Совет о разрешении допустить к преподаванию в названной клинике в текущем академическом году без особого вознаграждения доцента Черинова впредь до выздоровления профессора Захарьина». В конце января Совет университета удовлетворил прошение медицинского факультета.130

За последующие несколько месяцев послеоперационная рана у Захарьина полностью зажила. не позже мая 1872 года он поселился на даче графа Апраксина, где радушные хозяева, всячески его ублажая, помогали ему «лечиться от раздражительности» и восстанавливать силы.131 Осенью он вернулся на службу, опираясь на палку и «чрезвычайно ухаживая за своей больной ногой».132 Рассказывали, будто на одной из первых лекций в осеннем семестре он произнёс: «Со времени моего студенчества хирургия сделала большие успехи, мне сделали новейшую операцию, и хотя нет улучшения болезни, но нет и ухудшения».133 Из уважения к пострадавшему от неведомого хирурга профессору факультетскую терапевтическую клинику перевели впоследствии с третьего этажа на первый.

Его коллеги не сразу заметили, что после возвращения на кафедру Захарьин явно изменился. Достаточно бодрый и активный раньше, теперь он выглядел нередко угрюмым и утомлённым, а свойственная ему смолоду раздражительность всё чаще выливалась в откровенное самодурство. Всё меньше внимания уделял он своим профессорским обязанностям и всё более активно занимался частной практикой, словно уроки Родиона Геймана и тайного советника Овера, пренебрегавших преподаванием в последние годы службы, не прошли для него даром. Самым простым объяснением неожиданной для многих трансформации личности Захарьина была бы затянувшаяся послеоперационная астения, вынуждавшая его постепенно освобождаться от дополнительных, а то и непременных нагрузок, но в те годы такого клинического понятия ещё не существовало.