Это «переименование» сыграло дурную шутку с его биографами. Спустя 30 лет журнал «Современная Клиника», а вслед за ним Энциклопедический словарь Брокгауза и Ефрона объявили, что ещё в 1862 году Захарьина избрали «ординарным профессором по семиотике и диагностике».102 Поскольку такие подробности из прошлого Захарьина были обнародованы в зените его прижизненной славы, надо полагать, что издатели и редакторы заручились согласием знаменитого терапевта на распространение в печати вымышленной информации о его служебных перемещениях. В таком случае приходится думать, что Захарьин сам создавал и поддерживал отдельные легенды о себе. Так, например, ещё в начале 1860-х годов молодой адъюнкт поражал воображение студентов рассказом о том, как он в первый же год по окончании университета в совершенстве овладел французским и немецким языками.103 Нельзя исключить, кроме того, что автором упомянутых биографических публикаций был профессор Голубов – любимый ученик Захарьина и главный поставщик всевозможных (в том числе недостоверных) сведений о своём наставнике.

По данным советских энциклопедических изданий, в 1862 году Захарьина избрали экстраординарным профессором, а в 1864-м – ординарным профессором факультетской терапевтической клиники.104 На самом деле после отставки Овера в 1864 году медицинский факультет единогласно предложил Млодзеевскому занять освободившуюся кафедру и, лишь встретив категорический отказ последнего от этой должности, передал факультетскую терапевтическую клинику Захарьину.105 Приказом министра народного просвещения от 24 августа 1864 года доцент Захарьин был утверждён экстраординарным профессором по фактически уже давно занимаемой им кафедре факультетской терапевтической клиники.106

Повышение по службе добавило ему и хлопот, и ответственности. Отныне ему, как руководителю важного факультетского подразделения, приходилось вникать не только во все лечебные, но и в большинство хозяйственных вопросов и периодически обращаться к университетской администрации с просьбами ассигновать то 380 рублей для приобретения генератора постоянного тока, то 300 рублей для закупки ларингоскопического инструментария и химических реактивов, то 200 рублей для исправного функционирования клинической лаборатории, которой с 1865 по 1869 годы заведовал сверхштатный лаборант Черинов.107

Его обычный рабочий день начинался в 9 часов утра с предварительного обхода своего отделения, состоявшего из мужской и женской половин (по 30 кроватей на каждой из них) и расположенного на третьем этаже клинического здания на Рождественке. С 10 до 12 часов шесть раз в неделю, кроме воскресений, Захарьин читал лекции с демонстрацией больных, лежавших в его стационаре. Эпизодически он спускался в приёмный покой на первом этаже и там проводил разбор амбулаторных больных, называемый очередной лекцией. Иногда он цитировал на лекции один из наиболее часто упоминаемых в медицинской литературе XIX столетия афоризмов Фрэнсиса Бэкона: «Врачебное искусство целиком заключается в наблюдении». Может быть, с этим связана легенда о его дополнительном философском образовании?

Кардинальную цель университетского преподавателя Захарьин видел в том, «чтобы научить студентов применять почерпнутые сведения из анатомии, физиологии, химии, общей патологии, гигиены и диетики, теоретического курса частной патологии и терапии, семиотики и диагностики, словом, всего накопленного знания, к распознаванию и лечению болезней». «Клиническое преподавание должно индивидуализировать встречающиеся болезненные случаи, – утверждал он на своей первой лекции в качестве экстраординарного профессора, – останавливаться на болезненных явлениях не только в диагностическом, но и в общепатологическом их значении, стараться приводить их к простейшим патологическим нормам, сохраняя тем связь практической медицины с научною патологией».