В случае несогласия руководителя следственного органа либо следователя с требованиями прокурора об устранении нарушений федерального законодательства, допущенных в ходе предварительного следствия, прокурор вправе обратиться с требованием об устранении указанных нарушений к руководителю вышестоящего следственного органа. В случае несогласия руководителя вышестоящего следственного органа с указанными требованиями прокурора прокурор вправе обратиться к Председателю Следственного комитета при прокуратуре РФ или руководителю следственного органа федерального органа исполнительной власти (при федеральном органе исполнительной власти). В случае несогласия Председателя Следственного комитета при прокуратуре РФ или руководителя следственного органа федерального органа исполнительной власти (при федеральном органе исполнительной власти) с требованиями прокурора об устранении нарушений федерального законодательства, допущенных в ходе предварительного следствия, прокурор вправе обратиться к Генеральному прокурору РФ, решение которого является окончательным.

Несмотря на недостаточную определенность некоторых новых положений УПК, следует признать, что прокурор сохраняет достаточные полномочия для осуществления надзора за законностью и обоснованностью расследования. Однако наиболее важным и ответственным этапом прокурорского надзора за законностью предварительного расследования является принятие решения по делу, поступившему с обвинительным заключением (обвинительным актом). По материалам представленного ему уголовного дела прокурор оценивает всю совокупность проделанной органом расследования работы, соответствие выводов следователя установленным в ходе расследования обстоятельствам дела, правильность квалификации содеянного, соблюдение уголовно-процессуальных норм при производстве следственных действий, соответствие имеющихся в деле документов требованиям УПК.

Рассматривая дело, поступившее с обвинительным заключением, прокурор принимает одно из двух[Мы не рассматриваем здесь в качестве самостоятельного решение о направлении уголовного дела вышестоящему прокурору для утверждения обвинительного заключения, если дело подсудно вышестоящему суду, так как оно не является окончательным, и вышестоящий прокурор, получив уголовное дело, все равно принимает одно из двух решений, названных в п. 1 и 2 ч. 1 ст. 221 УПК.] решений: 1) об утверждении обвинительного заключения и направлении уголовного дела в суд или 2) о возвращении уголовного дела следователю для производства дополнительного следствия, изменения объема обвинения либо квалификации действий обвиняемых или пересоставления обвинительного заключения и устранения выявленных недостатков со своими письменными указаниями.

Решение прокурора об утверждении обвинительного заключения означает, что расследование произведено полно и всесторонне, следователь выявил всех лиц, совершивших расследуемое преступление, и собрал достаточную для их изобличения совокупность доказательств. Это значит также, что уголовное дело расследовано с соблюдением требований уголовно-процессуального закона. Прокурор не может утвердить обвинительное заключение и направить уголовное дело в суд, если оно составлено с нарушением требований УПК, исключающим возможность постановления судом приговора или вынесения иного решения, или допущены иные нарушения, влекущие возвращение уголовного дела прокурору (ч. 1 ст. 237 УПК). Поэтому прокурор на данном этапе должен иметь достаточные возможности для эффективного выполнения лежащей на нем в этот момент задачи. Однако полномочия прокурора по делам, поступившим с обвинительным заключением, т.е. расследованными следователями, и по делам с обвинительным актом, расследованными дознавателями, различны. Рассмотрим по порядку.