Василию удаётся спроецировать внутренний конфликт в московском великом княжестве на внешние отношения и под предлогом борьбы со своими врагами (в лице семьи отравленного Шемяки) добиться военного разгрома и политической капитуляции Новгорода – новгородцы признают гегемонию московского «великого господаря» во внешней политике и законодательстве, его право суда, заменяют свою печать на документах – его печатью. После Яжелбиц-кого мира 1456 года деяния Ивана III – шелонский разгром 1471 года и присоединение 1478 года – были уже, в сущности, чисто технической задачей, поэтому без преувеличения можно считать именно Василия II и его Двор подлинными покорителями Новгорода и создателями московского великодержавия.
Наконец, именно Василий II решительно отверг Флорентийскую унию, изгнал латинствующего митрополита Исидора и учредил автокефальную Русскую Церковь во главе с митрополитом Ионой, сделав Москву подлинным «Ноевым Ковчегом» православного мира. В 1441 году прибывший в Москву Исидор был немедленно изгнан после попытки совершить литургию с поминанием папы и оглашения документа о заключении унии. Москва отвергла унию сразу же и предельно решительно. Москва начала добиваться от патриарха и императора утверждения своего кандидата на митрополию, Рязанского епископа Ионы, который уже ездил в Константинополь, но был обойден Исидором.
Несколько лет Иона фактически возглавлял Русскую Церковь, однако убедившись в том, что ни возвращения в Православие, ни дезавуирования Исидора не происходит, в 1448 году собор русских епископов избрал Иону митрополитом и, тем самым, была установлена автокефалия Русской Церкви. То, что причиной провозглашения автокефалии было именно неправославие в Царьграде, совершенно отчетливо указано в послании митрополита в Литву, отправленном вскоре после его поставления. «Занеже, сынове, коли было в Цариграде православие, и они оттуды принимали благословение и митрополита. А ныне, сынове, Богу так извольше, и не хотением нашего смирениа». Сказано предельно ясно – «когда было в Царьграде православие», тогда оттуда принимали митрополита, ныне же волею Провидения такая возможность исчезла. В 1449 году в грамоте киевскому князю Александр Владимировичу митрополит Иона выражается ещё более резко: «Не х кому было посылать. Царь не таков, а ни патриарх не таков, иномудръствующу к латыном приближающуся, а не тако, яко же православному нашему христианьству изначала предано».
Русская Митрополия при святителе Ионе вырабатывает новую державную титулатуру Московских князей. В одном документе Василий II именуется «великим господарем царем руским», в другом – «всея Русския земли самодръжцем». Именно готовность Василия II принять «вызов», связанный с Флорентийской унией и падением Константинополя, и вытекающими из этого церковно-политическими и цивилизационными последствиями, сделала его княжество больше чем второразрядным политическим игроком на шахматной доске Восточной Европы. Возникла своего рода «сингулярность», – между военными, политическими и церковными усилиями, и Московское государство стало по настоящему уникальным историческим феноменом, которое, несомненно, может быть описано как нормальное государство Нового времени, но не может быть сведено только к нему. Это было молодое национальное государство Восточной Европы в политической проекции и вступающий в свои права наследник Вечной Империи в проекции метаполитической.
Личный вклад Василия II, этого «несломленного человека», по выражению американского исследователя Г. Алефа, в решающий поворот русской истории по прежнему остается недооцененным, а абсурдный миф о его «посредственности» кочует из монографии в монографию. Не слишком ли много достижений для «посредственности»? В сыне Василий II нашел замечательного преемника и продолжателя, которому не приходилось, как отцу, горько учиться на собственных ошибках.