Налоговое стимулирование в государственной поддержке инновационной активности используется относительно недавно. Впервые в 1966 г. налоговые скидки были предоставлены японским компаниям. В США их ввели в 1981 г. В 80-е – начале 90-х годов XX века налоговые привилегии, стимулирующие организацию и финансирование собственных научно-исследовательских подразделений, получают компании большинства развитых стран. Уровень налоговых льгот в РФ существенно не дотягивает до уровня зарубежных стран – ни по количественным, ни по качественным показателям. Наиболее сложной проблемой налогообложения инновационных организаций является высокий уровень страховых взносов. В расходах научных и инновационных организаций наибольший удельный вес (от 50 до 80 %) занимают расходы на оплату труда, следовательно, и на уплату страховых взносов, а поскольку с 2011 г.5 увеличена ставка страховых платежей, это является обременительно для инновационных компаний.

В процессе формирования экономики, ориентированной на государственную поддержку научно-технического прогресса, освоение передовых технологий, внедрение перспективных инноваций, проведение активной научно-технической политики, необходимо перенести акценты в реформирования системы налогообложения с фискальных начал на регулирующую и стимулирующую функции, обеспечивающие более тесную увязку налоговых платежей с результатами хозяйственной деятельности экономических субъектов. К проблематике налогового стимулирования инновационной деятельности в России так же можно отнести следующее:

1. При совершенствовании налогового механизма следует учитывать низкую чувствительность предприятий к незначительным налоговым льготам (например, снижение на 10-15 %). Нужны сильнодействующие экономические стимулы;

2. Проводимая налоговая и таможенная политика не стимулируют экспорт наукоемкой продукции отечественных товаропроизводителей, и сдерживает иностранных инвесторов, желающих вкладывать средства в технологическое обновление российских и совместных предприятий;

3. Недостаточными являются права органов государственной власти региона в проведении самостоятельной налоговой политики, направленной на стимулирование предприятий в обновлении производства, выпускаемой продукции и предоставляемых услуг;

4. Для предприятий России необходим особенный подход в построении налоговых механизмов и налоговой политики. Низкие налоговые ставки оказывают большое стимулирующее воздействие на инвестиционную активность в частном секторе и значительно меньшую – в государственном. В рамках действующего механизма у предприятий ощущается недостаточная заинтересованность в использовании прибыли на цели капиталовложений.

Специфика сложившейся в настоящее время ситуации заключается в том, что в России имеются значительные фундаментальные и технологические разработки, уникальная научно-производственная база. В то же время крайне слаба ориентация существующего инновационного потенциала на реализацию научных достижений в производстве и других сферах деятельности. Основной правовой базой на федеральном уровне, регулирующей инновационный процесс, в настоящее время является законодательство в области интеллектуальной собственности. Необходим полный арсенал косвенного и прямого приемов государственного регулирования для инвестирования инновационной деятельности. Среди косвенных приемов наиболее продуктивным является налоговое стимулирование. В мировой практике существуют следующие виды налоговых льгот:

– предоставление исследовательского и инвестиционного налогового кредита, т.е. отсрочка налоговых платежей в части затрат из прибыли на инновационные цели;