Особый допрос Петр учинил Софье. Следствие располагало данными о том, что заговорщики поддерживали связь друг с другом через некую Офимку Кондратьеву, приживалку опальной правительницы. Втянутой в заговор была и царская сестра Марфа. По тому, какую роль играли в этом бунте женщины, его впору было назвать не стрелецким, а бабьим. Никаких прямых улик в виде писем, доказывающих вину Софьи, добыть не удалось. Не помогли и очные ставки царевны со стрельцами – она все отрицала. Историки задавались вопросом о том, подвергалась ли бывшая правительница, как и другие организаторы заговора, пыткам? И не имея достоверных данных, ответ на него давали чаще всего отрицательный. Свет на эти события пролил найденный в середине XIX века дневник Патрика Гордона, участвовавшего в подавлении стрелецкого бунта 1698 года. В нем писалось, что царевна Софья была вздернута на дыбе и порота кнутом. Этот «допрос с пристрастием» был неофициальным, и потому протокол его не составлялся. Бывшая правительница перенесла пытки стойко, ни единым словом не показав против стрельцов. Несмотря на то что вина ее так и не была доказана, Софье пришлось до конца своей жизни (1707 г.) оставаться на тюремном положении в монастыре под именем инокини Сусанны, полученном после насильственного пострига.

Хотя после этих драматичных событий Софья-Сусанна уже не выступала на сцене российской истории, память о ней сохранилась не только в исторических анналах. Она стала первой сильной женской личностью в династии Романовых, и потому события, связанные с ее правлением, особо привлекали внимание деятелей культуры. Достаточно вспомнить хотя бы о замечательной опере Мусоргского «Хованщина», картинах Репина («Софья в монастырской келье») и Сурикова («Утро стрелецкой казни»). По мнению Ф. Гримберг, «эти произведения созданы в русле укрепления “национальной доктрины”, смягчившей романовское отношение к Софье и пытавшейся рассматривать такие явления, как церковный раскол или действия стрелецкого войска, в качестве проявления “народного сопротивления” реформам…» Сегодня многие исследователи смотрят на предшественницу Петра совсем по-иному. В частности, В. Сергеев считает, что «Софья могла стать одной из лучших правительниц в истории: царевна ни в чем не уступала своему великому брату, Петру I. Но в конце XVII века Россия была еще не готова к тому, чтобы главой государства стала женщина». В результате на смену кратковременному правлению Софьи в России пришла насыщенная событиями и большими переменами эпоха Петра I, продлившаяся до 1725 года. Правление первого российского императора также таит немало загадок, одна из которых, связанная с якобы составленным им завещанием, и поныне горячо обсуждается историками.

«Величие гения Петрова, громадность его целей поражают западный мир и отражаются в создании дикого мифа о завещании Петра Великого. Вражда, злоба и боязнь за будущее выразилось в этом мифе, угрожающем Европе господством силы», – так писал русский историк XIX века К. Н. Бестужев-Рюмин о загадке, связанной с завещанием первого российского императора.

Миф о якобы недописанном или исчезнувшем завещании Петра I родился после изменения, внесенного им в порядок престолонаследия 5 февраля 1722 года. До этого наследование царского трона на Руси было достаточно простым и основывалось на обычае, ведущем свое начало от основания Московского великого княжества. Оно осуществлялось по родовому признаку, то есть от отца к сыну. Было лишь несколько случаев, когда русский престол переходил по выбору. Как уже известно, именно так в 1598 году был избран Земским собором Борис Годунов, в 1606-м – боярами и народом Василий Шуйский, в 1610-м – польский королевич Владислав и, наконец, в 1613 году – Михаил Романов. После этого порядок престолонаследия по первородству не нарушался в течение более ста лет.