С принятием в 1891 г. Таможенного тарифа происходит распространение мер таможенно-тарифного регулирования на целый ряд товаров и определил составы контрабандных правонарушений и ответственность за их совершение.

Постепенно складывается единая система таможенных органов во главе с Департаментом таможенных сборов Министерства финансов, осуществлявшим непосредственное руководство таможенным делом в стране. При Департаменте состояли члены особого присутствия по применению тарифа к товарам и таможенные ревизоры, которым поручались проверка деятельности таможенных учреждений на местах, расследование дел о контрабанде и т. д. Нижестоящим звеном таможенной системы являлись таможенные округа (Санкт-Петербургский, Рижский, Вержболовский, Калишский, Радзивилловский, Бессарабский и Южный). В состав каждого из них входило определенное число таможен, таможенных застав и переходных пунктов, разделявшихся в зависимости от прав, предоставленных этим учреждениям по таможенному оформлению товаров.

Кроме пограничных таможен существовала целая сеть внутренних таможен второго и третьего класса, осуществлявших досмотр и оформление товаров, прошедших в пограничных таможнях лишь внешний контроль и отправленных транзитом вглубь страны. В состав таможен входили подчиненные им таможенные заставы и пограничные переходные пункты.

В 1904 г. был принят новый Таможенный устав, который установил новую структуру таможенных органов, которая предусматривала образование Департамента таможенных сборов, окружных и участковых таможенных управлений, таможен, таможенных застав, постов и пунктов. Каждой таможней и таможенной заставой руководил управляющий, в их штате состояли таможенные и канцелярские чиновники, а также вольнонаемные досмотрщики и служители. Кроме того был уточнены отдельные положения, связанные с противодействием контрабандному ввозу товаров, предоставив таможенным органам при необходимости производить обыски и выемку контрабандных товаров в пределах стоверстной пограничной полосы.

В советский период была пересмотрена таможенная политика государства, был введен разрешительный порядок внешнеторговых операций. Первым правовым актом, в котором закреплялась подчиненность таможенных органов и их функции, а также порядок ввоза и вывоза товаров, стало постановление СНК РСФСР от 29 декабря 1917 г. «О порядке выдачи разрешения на ввоз и вывоз товаров».

Постановлением предписывалось, что разрешения на вывоз за границу и ввоз товаров из-за границы выдаются исключительно отделом внешней торговли Наркомата торговли и промышленности. Товары, вывезенные и ввезенные без разрешения указанного ведомства рассматривались как контрабанда с вытекающими отсюда последствиями.

Новое положение таможни в системе внешней торговли нового Советского государства было установлено Декретом СНК от 22 апреля 1918 г. О национализации внешней торговли, согласно которому торговые сделки с иностранными государствами и с отдельными предприятиями за границей осуществлялись уполномоченными Советской властью органами от имени Советской Республики. Декретом от 29 июня 1918 года Департамент таможенных сборов был переименован в Главное Управление таможенного контроля, которое переходило в подчинение Наркомата торговли и промышленности (НКТиП). В дальнейшем эта структура была преобразована в Народный комиссариат внешней торговли (НКВТ), которому перешли все функции в области управления таможенным делом. В 1920 году СНК РСФСР издал Декрет «О порядке приема, хранения и отпуска импортных и экспортных товаров», который послужил основой для Таможенного устава СССР 1924 г.