Судебный процесс начался осенью 1906 года и продолжался почти месяц. Всего на суде по обвинению в антигосударственной деятельности проходило 50 человек. Свидетелями выступило около 400 человек, из которых, правда, только 200 с небольшим дали показания. Среди них были «рабочие, фабриканты, жандармы, инженеры, прислуга, обыватели, журналисты, почтово-телеграфные чиновники, полицмейстеры, гимназисты, гласные Думы, дворники, сенаторы, хулиганы, депутаты, профессора, солдаты…» Свидетельства этих людей помогли суду отследить процесс становления и работы рабочего совета. Вообще суд проходил в атмосфере всеобщей взволнованности, и в конце концов подсудимые сорвали процесс. Пришлось выдворить всех из зала заседания, и свой приговор судья выносил лишь в присутствии прокурора.

Подсудимые были лишены всех гражданских прав, но сам приговор оказался сравнительно мягким, поскольку все ожидали каторги. Троцкий на этот раз был приговорен к бессрочной ссылке в село Обдорское, расположенное за полярным кругом. Сам Троцкий писал о месте своей ссылки так: «До железной дороги от Обдорска – полторы тысячи верст, до ближайшего телеграфного поста – 800. Почта приходит раз в две недели. Во время распутицы, весной и осенью, она вовсе не приходит от полутора до двух месяцев». Любая попытка побега должна была обернуться дополнительным сроком – тремя годами каторжных работ. Итак, впереди его ожидали «столь знакомые грязь, суматоха и бестолковщина этапного пути», а затем долгие месяцы и годы томления в холодном, суровом краю.

Однако, не доехав 500 верст до места назначения, Лев Давидович совершил второй побег из ссылки. Следует отметить, что многие условности, принятые по закону во время переправки ссыльных на этот раз были опущены. Так, например, на осужденных не надели наручников, вообще конвойные офицеры относились к заключенным весьма предупредительно и с сочувствием.

В письме жене Троцкий писал: «Если офицер предупредителен и вежлив, то о команде и говорить нечего: почти вся она читала отчет о нашем процессе и относится к нам с величайшим сочувствием. До последней минуты солдаты не знали, кого и куда повезут. По предосторожностям, с какими их внезапно доставили из Москвы в Петербург, они думали, что им придется вести в Шлиссельбург осужденных на казнь. В приемной „пересылки“ я заметил, что конвойные очень взволнованы и как-то странно услужливы, с оттенком виноватости. Только в вагоне я узнал причину. Как они обрадовались, когда узнали, что перед ними – „рабочие депутаты“, осужденные только лишь на ссылку. Жандармы, образующие сверхконвой, к нам в вагон совершенно не показываются. Они несут внешнюю охрану: окружают вагон на станциях, стоят на часах у наружной стороны двери, а главным образом, по-видимому, наблюдают за конвойными. Письма наши с пути тайно опускались в ящик конвойными солдатами». Что касается петербургских конвоиров, то они и вовсе декламировали арестантам свежие революционные стихи. Даже приставленный для дополнительной охраны взвод жандармов только внешне соблюдал все необходимые правила.

До Тюмени ссыльные в сопровождении конвоя и охраны добирались по железной дороге, затем на лошадях. «На 14 ссыльных, – писал Троцкий в своей книге, – дали 52 конвойных солдата, не считая капитана, пристава и урядника. Шло под нами около 40 саней». Дальнейший путь пролегал по Оби. 12 февраля, на тридцать третий день пути, ссыльные прибыли в Березов, где должны были остановиться на два дня. Из этого-то места и был совершен побег Троцкого, до Обдорска – конечного пункта назначения – оставалось всего 500 миль. Конвойные офицеры и предположить не могли, что кто-нибудь из ссыльных посмеет совершить побег из этого края, поскольку «отсюда была единственная дорога по Оби, вдоль телеграфной линии: всякий бежавший был бы настигнут».