Но митрополит Исидор, сильно ратовавший за унию, получил от римского папы звание кардинала и папского легата для всех «северных стран» (лифляндских, литовских и русских). Еще с дороги он разослал окружные письма, призывая христиан обоих исповеданий безразлично ходить и в православные, и в католические храмы и приобщаться одинаково и в тех, и в других. Зиму 1440-1441 гг. он пробыл в Киеве, откуда в конце концов киевляне его выгнали за вероотступничество. Весной 1441 г. он прибыл в Москву. На первой же литургии в Успенском соборе он явился с преднесением латинского креста, поминал вместо патриарха папу, а после литургии велел читать акт Флорентийского лжесобора. После чего в храме наступила зловещая пауза, настолько всех поразило решение собора и поведение митрополита. Первым опомнился князь, назвав митрополита «ересным прелестником», «лютым волком», «лжепастырем, губителем душ». Он велел заточить Исидора в Чудов монастырь и созвал собор русского духовенства для рассмотрения флорентийской грамоты. Собор признал флорентийский акт незаконным. Исидор же упорствовал в отстаивании решений Флорентийского собора. Ему удалось бежать из Москвы в Тверь, надеясь, что жители города, как давние соперники Москвы, поддержат его, но и там его ждала неудача: его посадили под замок. Из Твери он тоже бежал, на этот раз в Литву. Но русские люди, жившие под иноверной властью Польши и Литвы, отвергли раскольнические замыслы Исидора не менее решительно, чем их единоверцы в Москве и Твери. Русское религиозное самосознание выдержало это испытание на верность своему долгу. Исидору ничего не оставалось, как найти себе приют в Риме.

Но раскольническая антирусская и антиправославная деятельность Исидора не закончилась с его бегством из России. 5 декабря 1448 года, отказавшись от мысли поставлять митрополитов в Константинополе, который отступил от Православия на Флорентийском соборе, собор русских пастырей возвел на престол митрополита Киевского и всея Руси святителя Иону. Святой старец стал заботиться в первую очередь о единстве церкви, обличая латинство и унию. Тем не менее Исидору удалось, пользуясь поддержкой папы Пия II, объявить святого Иону «нечестивым отступником» и посеять смуту, в первую очередь в Литве, где под властью польско-литовского короля-католика Казимира уния не прошла бесследно, как в Московской Руси. В 1458 году латинствующий патриарх Григорий, перенесший свою кафедру в Рим, посвятил в митрополиты на Литву ученика Исидора Григория. В Москве этим сильно обеспокоились, поэтому в 1459 году собрали собор русских епископов, где определили на будущее время избирать митрополитов в Москве, по повелению великого князя и без сношения с греками. Здесь в первый раз упоминается о Московской церкви, в отличие от Киевской. Это означало, что последовало окончательное разделение Русской Церкви на две митрополии – Московскую и Киевскую.

Не помогла церковная уния и Византии. Прошли те времена, когда папы своим словом приводили в движение королей и целые народы. Да и в папской резиденции открывались всякие злоупотребления и коварства, в папы часто избирались лица слабые, лукавые и недостойные этого высокого сана. А в среде католического духовенства царила распущенность нравов, хотя в числе его представителей встречалось немало людей с самыми высокими нравственными качествами. Естественно, что после Флорентийской унии папе Евгению IV не удалось собрать крестового похода против турок. Единственное, что ему удалось, это побудить польского короля Владислава III к борьбе с турками. Отважный король, незадолго перед тем одержавший несколько побед над турками, надеялся на обещанную помощь итальянского флота, смело и быстро двинулся с небольшим польско-венгерским войском на турок. Но помощь не явилась, и 9 ноября 1444 г. в отчаянной битве под Варной христианское войско было разбито. Сам король погиб в этой битве.