Но вместо погибших к атаману стекались новые толпы. По его разумению, борьба с «изменой» верхов означала: кто был ничем, тот станет всем. И он распространял воззвание: «Вы все, боярские холопи, побивайте своих бояр, берите себе их жен и все достояние их, поместья и вотчины! Вы будете людьми знатными, и вы, которых называли шпынями и безыменными, убивайте гостей и торговых людей, делите меж собой их животы! Вы были последние – теперь получите боярства, окольничества, воеводства! Целуйте все крест законному государю Дмитрию Ивановичу!» Путь его орды сопровождался жуткими погромами. Истребляли дворян и зажиточных горожан, грабили, пускали по рукам жен и дочерей.

Молодой полководец Михаил Скопин-Шуйский, племянник царя, еще раз разгромил Болотникова, на р. Пахре. Но по другой дороге наступало войско Пашкова и Ляпуновых, взяло Коломну. И Шуйский перебросил племянника туда – против восставших дворян сосредотачивалась большая сборная рать под командованием Мстиславского и Воротынского. Пашков и Ляпунов оказались противниками более умелыми, атаковали царское войско у с. Троицкое и обратили в бегство. А перед Болотниковым дорога освободилась, его банды, обрастая разгулявшейся чернью, двинулись дальше. Под Москвой силы повстанцев соединились, достигая 20 тыс. Но… дворяне увидели, что вытворяют болотниковцы, и призадумались. А москвичи, не желая разграбления своего города, пошли на хитрость. Их делегация объявила, что столица сдастся без боя, если ей представят самого «Дмитрия».

Обрадованный Болотников слал гонцов в Путивль – пусть, мол, «царь» скорее приезжает, победа обеспечена. Никто не приехал. А Пашков и Ляпунов вступили в переговоры с царем. Шуйского они ненавидели, но поняли, что в данный момент болотниковцы представляют для страны куда большую опасность. В Москву прибывали подкрепления из Смоленска, Твери, с Двины. Главное командование царь поручил Скопину- Шуйскому. Узнав, что противник наращивает силы, Болотников 26 ноября 1606 г. пошел на штурм. Но Ляпуновы и Пашков перешли на сторону царя, объявив, что никакого «Дмитрия» на самом деле нет и никто его в глаза не видел. Повстанцев отбили, они встали укрепленным лагерем в Коломенском.

Скопин осадил их, окружил батареями и начал бомбардировку. Царь пробовал переманить на свою сторону и самого Болотникова, обещал службу и высокий чин, однако атаман отказался. После трехдневного артиллерийского обстрела его пестрое воинство вырвалось из лагеря и стало удирать на Серпухов. Их гнали и били. 4 тыс. казаков Беззубцева в деревне Заборье остановились, окружив себя укреплением из саней, и решили обороняться. Скопин счел опасным оставлять их в тылу и осадил табор, что дало возможность уйти остаткам болотниковцев. А Беззубцев предложил сдаться, если казакам гарантируют жизнь и примут на службу. Воевода согласился на такие условия. Этих казаков царь простил. Но остальных пленных, взятых в бою или во время бегства, вешали или, оглушив дубинами, «сажали в воду».

20-летний Скопин-Шуйский был пожалован в бояре.

Болотников засел в Калуге и был осажден. Но воеводой на этот раз царь назначил своего бездарного брата Ивана. Он действовал крайне неумело, позволял себя бить на вылазках. Правда, отряд Мезецкого, посланный из Путивля Шаховским на выручку Болотникову, был разбит Иваном Романовым на р. Вырке. Однако осада Калуги затянулась на всю зиму. Между тем Шаховской лихорадочно искал, как выкрутиться из ситуации с отсутствием «Дмитрия». И пригласил гулявшего по Волге и Дону терского «царевича Петра». Тот явился с 4 тыс. казаков и проявил себя мужиком крутым, казнив пленных дворян, содержавшихся в Путивле, а их родственниц «емля на позор на постелю».