А внутри страны ужесточил борьбу за католицизм. В условиях дворянских «вольностей» протестантские учения в Речи Посполитой нашли много сторонников. Были аристократы, исповедующие лютеранство, кальвинизм, арианскую ересь, отрицавшую Св. Троицу. Но особенностью польской Контрреформации стало то, что подобное «диссидентство» знати оставалось вполне допустимым, вписывающимся в рамки тех же «свобод». А борьба развернулась против… православия, не имеющего к Реформации ни малейшего отношения. Иезуиты сумели обработать Луцкого епископа, и от его имени была инициирована кампания по подчинению Православной Церкви папе. Сигизмунд издал соответствующий универсал, и в 1596 г. в Бресте был созван собор. Представленные на нем священнослужители разделились на две партии, заседавшие отдельно и вынесшие противоположные решения. Одна, во главе с Киевским митрополитом Рагозой, постановила признать соединение церквей, лишить сана епископов, не признавших унии, и прокляла их вместе со сторонниками. Другая постановила лишить сана Рагозу с приспешниками, просить короля не чинить насилия в делах веры и разрешить послать своих делегатов на сейм.

Разумеется, Сигизмунд поддержал первую партию. Начались захваты имущества Православной Церкви и погромы униатами неподчинившихся храмов. Доходило до того, что луцкий староста Симашко ввел особый налог на посещение церквей православными, а в Страстную субботу и Св. Воскресенье устроил в притворе храма танцы, приказывал гайдукам стрелять в иконы. В ответ на закабаление казачьих областей и притеснения веры вспыхнули восстания. Сперва – Косинского, погибшего в бою, потом – Наливайко. Мятеж подавили, Наливайко и его полковников, Лободу и Мазепу, схватили и изжарили в Варшаве в медном быке, специально предназначенном для мучительных казней. Но религиозная нетерпимость Сигизмунда не пошла ему впрок. Встревожились шведы: как бы он не стал реставрировать католицизм у них, – и в 1599 г. совершили переворот, возведя на трон его дядю, Карла IX. С этого момента Польша и Швеция стали смертельными врагами.

В общем, король перессорился со всеми. И с турками, и со шведами. И с русскими – но в положении, в котором он оказался, вынужден был в 1600 г. подтвердить с Москвой прежнее перемирие еще на 20 лет. Поссорился он и с подданными. Шляхту раздражали постоянные проколы во внешней политике. А на Украине продолжались восстания – в Добровнице, Остре, Брацлаве, Корсуни. Сейм издал постановление «О своеволии Украины», предписывающее «беспощадные кары» за любые «эксцессы». И Сигизмунд решил окончательно прижать казачество, запретив продавать простонародью оружие и сведя реестр к 1 тыс. человек. Были направлены войска для разорения Сечи и особые урядники, обязанные следить, чтобы крестьяне «не бегали в казаки».

Для защиты веры в Речи Посполитой стали возникать православные братства: Львовское, Виленское, Киевское, Могилевское. Они открывали собственные школы в противовес иезуитским, организовывали типографии для выпуска религиозной литературы, брали под защиту гонимых священников, готовили кадры для православной пропаганды. Эти братства действовали в контакте с правительством и Церковью России, при их активной поддержке. Из Москвы финансировалось печатание книг, строительство храмов. Поэтому проекты подчинения Руси Риму становились еще более насущными. За них теперь цеплялась проблема торжества унии в Польше. Да и православные церкви балканских стран, покоренных турками, сильно зависели от материального и дипломатического покровительства царя.

И усилия в данном направлении предпринимались неоднократно. К Федору Иоанновичу папа Климент VIII направил прелата Комулео, иллирийского славянина, изучившего русский язык. Целью посольства было склонить русских к войне с Турцией в союзе с Габсбургами, и Москву даже соглашались признать «Третьим Римом», обещали ей отдать Константинополь, подсказывали, что присоединение «единоплеменных и единоверных» славянских народов Балкан – не только право, но и «прямое назначение» Москвы. Но вот только для этого… надо бы признать церковную власть папы, который обеспечит все победы и вознаградит царя императорской короной. В 1601 г. с аналогичными целями послы Рима Коста и Миранда отправились якобы транзитом через Россию в Персию и подъезжали с переговорами к Борису Годунову. Успеха не было. И иезуиты в своих донесениях сетовали: «И при таком изобилии духовной рыбы (т. е. потенциальных обращенных) нельзя протянуть рук, чтобы взять ее…»; «О, если бы наши отцы с самого начала пришли в эту страну не под своим, а под чужим именем! Многое тогда было бы в лучшем положении». Вскоре такая возможность им представилась.