Свою территорию для защиты от врагов и членов других семей мыши отграничивают посредством меток. По ним в дальнейшем зверьки ориентируются. Чаще всего метки бывают пахучими, то есть сделанными мочой, калом или секретом желез. Пахучие сигналы используются также для передачи информации о наличии корма, а у самок – о готовности к встрече с самцом.

Ученые-исследователи пришли к выводу, что в определенных субстанциях мочи содержится информация даже о генетической принадлежности мышей. Запах неодинаков не только у разных мышевидных грызунов, но и у соседей, особей из других семей. Если зверька отловить и некоторое время подержать вдали от родного сообщества, его запах изменится или вообще будет потерян, следовательно, при возвращении мышь будет атакована своими бывшими соплеменниками.

За исключением мыши-малютки, все животные этого семейства живут в норах.

В них проходит большая часть жизни мышей: здесь они выращивают потомство, кормятся, отдыхают после кормежки, делают запасы, прячутся от неблагоприятных условий окружающей среды и опасности.

Норы подразделяются на временные и основные. Временные норы имеют простую планировку. Основные же состоят из множества отнорков, соединяющихся с основной гнездовой камерой, и входных отверстий. Подобного рода норы делятся на летние и зимние.

Летние норы предназначаются для появления на свет и выкармливания потомства, поэтому они гораздо более сложные. В них имеется гнездо с мягкой теплой подстилкой, которое устраивается заранее из птичьих перьев, шерсти или высохших травинок. Если мыши живут в домах рядом с человеком, подстилки делаются из различного рода остатков домашних предметов, то есть из веревок, стружек, бумаги, тряпок и т. д.

Перед появлением потомства самка расширяет и чистит гнездо.

Зимние норы имеют более простую, по сравнению с летними, планировку. В большинстве случаев в них устраивается камера для хранения запасов – так называемая кладовая. Норы, предназначенные для защиты от опасности и неблагоприятных условий окружающей среды или, например, для отдыха в жаркую погоду, имеют чаще всего только одно входное отверстие и короткий отнорок. Замечено, что молодые особи строят себе самые мелкие норы. У большинства видов мышей защитных норок несколько.

Подобные норки не защищают от четвероногих хищников. От собак, лисиц, хорьков и различных енотовидных мыши спасаются в более сложных норах. Но и они не гарантируют спасение от нападения горностаев и ласк, которые свободно в них проникают.

У норок, помимо защиты и выкармливания потомства, есть и еще одна, не менее важная функция. Она заключается в предоставлении оптимальных температурных условий, так как у мышей довольно слабая и несовершенная терморегуляция. Укрывшись в норе, мыши спасают себя от гибели, связанной с перегреванием или переохлаждением.

Главная особенность убежищ заключается в том, что ходы и камеры располагаются в разных слоях грунта, поэтому при желании зверек может выбрать себе оптимальный микроклимат.

Мыши-малютки устраивают себе гнезда, имеющие шарообразную форму, между высокими стеблями тростника, камыша и других культурных злаковых растений. Гнезда, таким образом, располагаются на высоте около 150 см.

Лесные мыши селятся в пустотах под корнями деревьев или в дуплах. Продовольственные запасы, которые позволяют мышиной семье кормиться на протяжении 1–2 лет, складываются в подземные камеры. Зимой, в ненастное время, мыши почти не выходят на поверхность земли. Также лесные мыши, которые живут на полях, устраивают норы с 2–3 входными отверстиями. Из расщепленных стеблей делается гнездо. Чаще всего оно находится на глубине 70—80 см, а от него идет отнорок, в котором хранятся запасы продовольствия.