Мария написала несколько алхимических работ, недошедшие до нас, но известные нам сегодня благодаря арабским трактатам, где они часто цитируются и приводятся в качестве основного учебного материала.

В своих химических опытах она использовала бани, печи, стеклянные колбы и всевозможные химико-технологических инструменты, часть из которых самолично изобрела и изготовила … «трибикос» (устройство для перегонки веществ с тремя рукавами), «керотакис» (аппарат для нагрева веществ, с целью сбора паров) и «водяную баню», принцип которой широко используется сегодня в известной «пароварке», хотя некоторые исследователи приводят данные о том, что «водяная баня» была изобретена задолго до Марии Коптской.

Из исламских источников нам известна одна из её главных работ, которая в последующем была переведена с арабского на латынь под названием «Practica Mariae Prophectissae sororis Moysi» (Практика Марии Пророчицы сестры Моисея), и ещё несколько произведений, где она выводит свои знаменитые алхимические аксиомы, например …

«Один становится двумя, два становятся тремя, а из третьего возникает один четвёртый».

При описании металлов и их преобразований, она исходила из убеждения, что все камни и твёрдые породы являются частью единого многообразия Живой природы, демонстрируя тем самым очевидную связь Средиземноморской алхимической традиции с мистицизмом Древнего Междуречья.

В своём учении Мария следует концепции параллелизма между структурой материального мира и структурой человека. Она пишет, что как человеку необходимо питание, чтобы он рос и взрослел, обретая свою благородную форму, так и металлам нужна пища, чтобы обрести совершенство.

«Как человек возникает соединением жидкостей, материи и духа, так же и Золото».

То есть у каждого металла, камня, или минерала есть тело, душа и дух. Все они, как и люди, разделены на два разных пола, а сочетанием мужского и женского порождается новая уникальная сущность.

Таким образом, соединяя друг с другом противоположные субстанции в определённой последовательности, в определённом соотношении и при определённых космологических циклах, можно получить иную субстанцию с выдающимися свойствами.

Она писала … «Соедините мужское и женское, и вы найдёте то, что ищите».

Ещё одна общая черта человека и металла … Смерть. В одном из своих рецептов превращения железа в Золото, Мария пишет о смерти меди и серебра, которая наступает для них в процессе преобразования.

Она считала, что для успешной трансформации вещества нужно, как бы вскрыть её потаённую природу, и сделать это алхимик может посредством «окисления».

Однако аналогия между человеком и металлом, по мнению Марии, идёт ещё дальше.

«Пар, образующийся при испарении сернистых элементов металла, есть его дух … и если вы не сделаете телесные субстанции бестелесными, а бестелесные субстанции телесными и не сделаете эти две субстанции одной, ничего из ожидаемого не произойдёт».

«Сестра Моисея» исходила из того, что существуют две категории веществ … летучие и неподвижные, то есть бестелесные и телесные. Такие металлы, как медь, свинец и цинк телесны и неподвижны. В процессе трансмутации их нужно сделать летучими и бестелесными, например, в состоянии оксидов (под действием воздуха), в состоянии сульфидов (под действием серы) или в состоянии хлоридов (под действием морской соли), тем самым обнажить их скрытую природу, а затем необходимо провести обратный процесс и восстановить их первичное состояние, то есть регенерировать эти оксиды, сульфиды и хлориды в металлическую структуру, создавая таким образом новое совершенное вещество уникальной природы.