Работу над транспортными самолетами компания «Юнкерс» продолжила и впоследствии. В 1941 году под руководством Э. Цинделя и Крафта был создан трехмоторный транспортный самолет Ju.252, оснащенный герметичной кабиной, рассчитанной на перевозку 32 пассажиров. «Junkers» Ju.252 и его модификация Ju.352, перевозящие более 4 тонн груза или до 35 пассажиров и выпущенные общей численностью 60 машин, строились до осени 1944 года и использовались до самого конца войны.

Транспортным самолетом Ju.90 стал еще в 1937 году и несостоявшийся дальний бомбардировщик, создававшийся в рамках программы «Uralbomber». Выпущенная в количестве десятка экземпляров машина проявила себя в основном тем, что на первых порах использовалась в качестве буксировщика тяжелых грузовых планеров.

Несмотря на действующие ограничения Версальского договора, с приходом к власти национал-социалистов началось возрождение немецкой военной авиации, хотя до времени – под видом развития гражданского воздушного флота, и одна из ключевых ролей отводилась в этом процессе компании «Юнкерс».

Одним из первых шагов стало создание самолетов двойного назначения, способных выполнять функции как коммерческой машины, так и бомбардировщика.

Уже 4 ноября 1934 года в небо поднялся созданный Э. Цинделем самолет «Юнкерс» Ju.86. В отличие от предыдущих самолетов компании «Юнкерс», для которых были характерны прямоугольный в сечении фюзеляж и гофрированная обшивка, новый самолет имел фюзеляж овального сечения с гладкой обшивкой. Серийный выпуск начался уже в конце 1935 года. В гражданском варианте самолет мог перевозить десять пассажиров, военный вариант имел экипаж из четырех человек, нес три 7,9-мм пулемета МG 15 и мог поднять восемь 100 кг бомб, размещенных во внутренних бомбоотсеках. Дизельные двигатели «Jumo-205С» мощностью 600 л.с. обеспечивали скорость до 320 км/ч. Уже осенью 1938 года Ju.86 постепенно начали выводить из состава боевых частей, но тем менее он принял участие в Польской кампании, ограниченное число машин успело повоевать и на Восточном фронте, в частности 58 машин находилось в составе сил люфтваффе в декабре 1942 года под Сталинградом, но уже через два месяца 42 из них были потеряны. Позже, в 1943–1944 годах самолет применялся для борьбы с партизанами на Балканах и в Белоруссии, использовался также в качестве ночного бомбардировщика. Общий выпуск вместе с гражданскими машинами составил менее 500 самолетов.