Два последующих этапа выпали на военные годы и были связаны с демодернизацией оккупированных территорий. Третий этап уничтожения мирного населения длился без малого два года (сентябрь 1939 – июнь 1941 гг.), когда Гитлер и Сталин, согласованно напав на Польшу, осуществляли одинаковую политику уничтожения польской культуры, лишив жизни не менее 200000 в основном образованных поляков, потенциально способных руководить сопротивлением, и депортировав около миллиона польских граждан в лагеря Германии и СССР, и когда Сталин, оккупировав Литву, Латвию и Эстонию, распространил политику уничтожения национальной культурной элиты и на эти страны. Единственное отличие захватчиков заключалось в том, что нацисты евреев заключали в гетто, предполагая в скором будущем депортировать их на восток, а советские власти всех польских граждан (а также литовских, латышских и эстонских), независимо от вероисповедания, отправляли на Крайний Север и Дальний Восток.
Четвертый этап уничтожения мирного населения – самый затяжной – длился с начала и до конца Великой Отечественной войны. С нападением гитлеровской армии на СССР в 1941 году число уничтоженных мирных жителей исчислялось миллионами: гитлеровцы выморили голодом миллион блокадных ленинградцев и три миллиона советских военнопленных (людей, сложивших оружие), расстреляли, сожгли, задушили и отравили более двух с половиной миллионов советских евреев, а с учетом Польши еще и три с лишним миллиона европейских евреев. Но и защитники отечества не считали жизни ни своих соотечественников, ни союзников по борьбе. В оккупированной Белоруссии гитлеровцы уничтожили 300000 мирных жителей в отместку за действия местных партизан, которые в свою очередь ликвидировали местных жителей, помогавших или подозреваемых в оказании помощи оккупантам. В Варшаве летом 1944 года гитлеровцы уничтожили 100000 польских повстанцев, а затем сожгли дотла и сам город. Советские же, изначально подстрекавшие поляков к восстанию, потом мешавшие британцам и американцам оказывать помощь восставшим, затем приостановившие продвижение своих войск на Варшаву, наблюдали, как происходит уничтожение.
Пятый этап уничтожения мирного населения связан с принудительным изгнанием с освобожденных Советским Союзом территорий лиц «нежелательной» этнической принадлежности. Он начался в середине октября 1943 года, когда советские войска освободили от немецко-фашистских захватчиков Кавказ, двигаясь по следам победоносных побед РККА к западным границам СССР, потом в страны Восточной Европы и завершился к концу 1949 года с образованием ФРГ и ГДР, так что, строго говоря, этот этап несколько вышел за взятую Снайдером временную рамку.
На всех этапах массовое уничтожение мирного населения мотивировалось внутренней и/или внешней политикой СССР и/или Германии. В вышеназванных землях оно вылилось в четырнадцать миллионов жертв (сюда не входят павшие в боях). Из них три с половиной миллиона – это довоенные жертвы, когда СССР был единственной европейской страной, санкционировавшей политику массовых убийств собственного населения в мирное время. Гитлер в это время постоянно напоминал немецкому народу о человеконенавистном режиме Советов, что очень способствовало его политическому успеху в Германии. Правда, в эти шесть с половиной довоенных лет гитлеровский режим тоже уничтожал инакомыслящих в своей стране, только жертв меньше – до десяти тысяч. Но в сентябре 1939 года, оккупировав Польшу с запада и востока, Гитлер и Сталин к 1941 году уже совместно лишали поляков жизни. А в годы Великой Отечественной войны в 1941–1944 гг. гитлеровцы, несомненно, превзошли большевиков, уничтожив за три года гораздо больше людей, чем Сталин за шесть с половиной.