Однако результаты генетических исследований поразили всех так, что шум до сих пор не утихает. Например, оказалось, что за «разметку» глаз у членистоногих, позвоночных и даже кишечнополостных (!) отвечают сходные гены из группы Pax.[59] Что представляется фактом, достойным всяческого удивления. Действительно, почему из всего имеющегося разнообразия факторов транскрипции, на роль «разметчика» глаз были выбраны именно гены группы Pax в трех независимых эволюционных случаях? Причем эти мастер-гены оказались настолько сходны, что Pax-6мыши, «пересаженный» мухе, привел к образованию глаза у этой мухи.

Еще более удивительно, что сходные гены включают формирование глаз еще и у медуз! Конкретно, ген Pax-A отвечает за формирование глаз у гидроидных медуз (Suga et al., 2010). А ген Pax-B «запускает» глаза кубомедузам (Kozmik et al., 2003). Причем эти гены, опять-таки, оказались настолько близки к генам Pax других животных, что Pax-А гидроидной медузы (так же как и Pax-B кубомедузы), «встроенные» в муху, столь же добросовестно вырастили глаза на теле этой мухи (Suga et al., 2010; Kozmik et al., 2003), как и Pax-6 мыши в более раннем исследовании.[60]

И это вообще из ряда вон, потому что медузы – это даже не билатеральные животные (медузы являются радиально-симметричными существами). Представить себе общего предка медузы и билатеральных животных уже глазастым – весьма сложно. Ведь считается, что билатеральные животные произошли от радиально-симметричных чуть ли не на самых ранних этапах эволюции животных, когда представители животного царства были устроены еще очень просто. Тем не менее, глаз кубомедузы «взорвал» теорию эволюции не только общим геном Pax, но еще и сходными белками опсинами, которые оказались даже более близки к опсинам позвоночных, чем, например, к опсинам членистоногих. А ведь кишечнополостные на официальном «эволюционном древе» удалены от позвоночных существенно дальше, чем членистоногие (членистоногие вместе с позвоночными относятся к билатеральным животным). Тем не менее, опсины кишечнополостных, наоборот, ближе к опсинам позвоночных, чем опсины членистоногих. В рамках теории эволюции такого, вроде бы, не может быть. Не может быть потому, что глаза медуз не могли эволюционировать отдельно от самих медуз (примкнув в этом деле к позвоночным). Именно такие «чудеса в решете» сейчас и называются филогенетическими конфликтами. И для объяснения подобных чудес выдумываются специальные теоретические схемы (под каждый отдельный случай), которые позволяют всё-таки объяснить, почему так произошло в рамках дарвиновской теории. Например, конкретно по поводу конфуза с опсинами позвоночных и медуз было выдвинуто предположение, что это они просто так «хорошо сохранились», то есть, опсины позвоночных по какой-то причине остались ближе к «общепредковым» опсинам, чем опсины членистоногих.[61]