Основные начала организации казачества были изложены в грамотах от 30 июня и 1 июля 1792 г. Войско обязывалось нести пограничную службу, признавалось коллективным юридическим лицом, земля находилась в его общей собственности. Войско получало определенное жалованье и имело свободную внутреннюю торговлю и право продажи вина на войсковых землях. Оно сохранило знамя и литавры, другие регалии Запорожской Сечи. В административном отношении оно подчинялось таврическому губернатору, но имело свое войсковое правительство (атаман, судья и писарь). Точной и определенной регламентации устройства и самоуправления войска в грамотах не было, и это привело к возрождению традиционной казачьей практики.

В 1794 г. были выработаны писаные правила “Порядок общественной пользы”, утвердившие систему казачьего самоуправления в рамках 40 куреней с ежегодным избранием атамана 29 июня, делением войсковой территории на 5 округов с окружным правлением. В 1801 г. вместо войскового правительства была учреждена канцелярия, в которую входили атаман, два члена и один назначенный от правительства, а также правительственный прокурор. Войско было поделено на 20 полков. В 1802 г. восстановлено войсковое правительство, по аналогии с донским. По воинским делам Черномория подчинялась инспектору крымской инспекции, по гражданским – таврическому губернскому начальству. С 1855 г. назначение войсковых атаманов производилось исключительно из лиц неказачьего происхождения.

Положением 1842 г. управление Черноморским казачьим войском делилось на военное (войсковое и окружные дежурства) и гражданское (войсковые, окружные и станичные органы управления). К войсковым учреждениям относились правление, врачебная управа, прокуратура, торговый словесный суд и полиция г. Екатеринодара. Войсковое правление состояло из четырех экспедиций, окружное гражданское управление – из суда, сыскного начальства, словесного мирового суда и прокуратуры в лице стряпчего. Два заседателя, избираемые в окружной суд станичными сходами, участвовали только в решении вопросов, касающихся станиц и казаков. Некоторые статьи положения 1842 г. были приравнены к статьям Положения 1835 г. о Донском войске. К данному времени сложилась сословная структура Черноморского войска: старшина, превратившаяся в дворянское сословие, казачье духовенство и рядовые казаки. Дворянство, помимо обычного казачьего права на 30 десятин земли, имело пожизненные 1500 десятин на генерала, 400 – на штабс-офицера и 200 – на обер-офицера. В сходах участвовали представители всех сословий, духовенство в станичном самоуправлении играло почетную роль.

Землепользование со времени возникновения определялось писаными законами, а также обычаями, которые имели преимущество перед писаным правом. Грамоты 1792 г передали казакам землю в дар как вечную потомственную собственность, а акты 1801 и 1802 гг юридически оформили коллективную земельную собственность. Право пользования определялось обычаем свободной заимки. В “Порядке общественной пользы” оговаривались привилегии старшины, которая ведет борьбу за частную собственность на землю. Положение 1842 г узаконило фактическое нарушение принципа казачьего равноправия на землю, утвердив различные земельные нормы для рядового казачества и дворянства. Положение 1870 г. заменило пожизненное пользование офицерскими участками потомственным, из войсковой собственности была сделана частная.

Черноморское казачество традиционно занималось земледелием, скотоводством, рыболовством, сохраняя патриархальный быт и православие. С 1803 г. появляются школы, в 1819 г. на территории войска было 6 училищ, в 1820 г. – 10 приходских школ и войсковая гимназия в Екатеринодаре Казаки несли напряженную сторожевую службу на 260 верстах вдоль Кубани до берега Черного моря на главных укреплениях – постах, мелких пикетах и т. н. залогах и разъездах (всего около 60 постов и батарей и более 100 пикетов с 50-200 и 3-10 казаками в каждом соответственно). Разведку вели пластуны, жившие товариществами. Партизанская война между казаками и горцами продолжалась до 1864 г.