Новый этап в истории народов региона начался в XIII в. с монгольским нашествием. К планомерному завоеванию Северного Кавказа монголы приступили одновременно с завоеванием русских земель. Осенью 1237 г. начался их поход на земли адыгов. Осенью 1238 г. был нанесен удар по аланам, контролирующим подступы к перевальным дорогам в Закавказье. За четыре года монголы завоевали ключевые позиции в горной полосе Северного Кавказа, разорив регион и истребив множество жителей, но в горных ущельях сопротивление продолжалось и после 1239–1240 гг. Восстанавливались оборонительные укрепления адыгов, аланов и других народов.

Изменилась этническая карта региона. Перестала существовать Алания как политическая единица, население частью было уничтожено, другие вовлечены в военные походы, выселены, загнаны в горы, где они смешались с автохтонными племенами. Из-за выросшей плотности населения в горных районах Центрального Кавказа усилилась миграция части алан на южные склоны Главного Кавказского хребта. Произошли качественные изменения в экономике, культуре, быте значительной части предгорноплоскостных районов Северо-Западного Кавказа: многие адыги, традиционно оседлые земледельцы и скотоводы, перешли к полукочевому образу жизни и экстенсивному скотоводству, что обусловило продвижение их групп на север от Кубани и в верховья Терека, где к концу XIII–XIV вв. они расселились на значительной части предгорноплоскостных районов Центрального Кавказа, высвободившихся от алан. Тем самым началось обособление части адыгов в самостоятельную народность – кабардинцев, но численность их до начала XV в. была небольшой. Массовое переселение абазинских племен на Северо-Западный Кавказ до верховьев Кубани началось в золотоордынский период (XIII–XIV вв) и продолжалось до XVII в. Начинается постепенное восстановление населенных пунктов (города Маджары на берегу Кумы и Мокрой Буйволы, населенного аланами и кипчаками, Нижний Джулат на Тереке и др.).

Во 2-й половине XIV в. влияние Золотой Орды в регионе значительно ослабевает. В 1395 г на территорию Северного Кавказа вторглись армии Тамерлана из Средней Азии. Северо-Западный Кавказ был разграблен и разорен. Золотая Орда распалась на Ногайскую Орду, Казанское, Астраханское и Крымское ханства, хотя формальная зависимость Северного Кавказа от татар сохранялась. Наибольшую опасность для народов региона теперь представляли Османская империя, Крымское ханство и шахский Иран. В этот период христианство утратило свои позиции среди народов Северо-Западного Кавказа, «уступив» их древним, этническим верованиям.

В XVI–XVII вв. происходит складывание более крупных этнических объединений и их консолидация в народности. Сосредоточение власти происходит в руках знати: у адыгов – князья (пши), уорки, у абазин – ахи и агмиста, в Осетии – бадиляты и алдары, в Карачае – бии, чанки и сырма-уздени трех разрядов. Более мелкие владетели находились в вассальной зависимости от них. В XVII в. в Кабарде утвердился ислам. В ходе междоусобной борьбы сильные владетели подчиняли себе сельские общины, вводя для них обязательную повинность – ясак. Часть сельских обществ нагорной зоны не имела зимних пастбищ и зависела от владельцев соседних пастбищ. Основная часть сельского населения при этом оставалась лично свободной: каракиши в Карачае, тлофокотли у адыгов, акави или тльфакоши у абазин, адамихаты в Осетии. Наиболее эксплуатируемыми были лично зависимые крестьяне, оказавшиеся на положении крепостных. Рабство имело патриархально-домашний характер. Сохраняются родственные организации и патриархально-родовые порядки.