Вслед за Советом Федерации наступило время для установления полного контроля и над Государственной думой. В обеих палатах Федерального собрания надо было сменить руководство. Для власти было нестерпимо видеть, что во главе Совета Федерации оставался Егор Строев, старый партийный чиновник КПСС. Это был спокойный, рассудительный человек, изрядно далеко отдрейфовавший в сторону от своих прежних коммунистических идеалов, но все таки по инерции считавшийся левым, а следовательно подлежащим замене. В результате закулисных переговоров с ним представителей президента, он дал согласие покинуть без шума свой пост председателя сената в обмен на гарантированное ему кресло губернатора Орловской области, где он когда-то был первым секретарем обкома КПСС. Е. Строев ушел, и на его место был выдвинут абсолютно никому в стране не известный геолог Сергей Миронов, который до прихода в сенат был первым заместителем председателя Законодательного собрания Санкт-Петербурга. Совет Федерации (в новой путинской конфигурации) – это вообще одна из наиболее легко управляемых структур для администрации президента, и поэтому не составило труда легко обеспечить его избрание на пост председателя. Мохнатая рука сверху втащила его за воротник в большую политику, хотя первые же его инициативы повергли в шок широкую публику. Он предложил сходу продлить срок пребывания президента на своем посту. Это был явный зондаж, но скороспелый и неподготовленный, а посему провалившийся. Людям с такой легковесной репутацией, как у Миронова, поручать такие инициативы нельзя.

Потом С. Миронов выступил с проектом переноса столицы страны в Санкт-Петербург. И снова неудачно. Он пытался создать для себя политическую партию под странным названием «Партия жизни», принимал участие в выборах 2003 года, но скандально провалился. Но, похоже, Кремлю «по барабану» все провалы С. Миронова. Он «свой человек», и это главное. Чтобы обеспечить ему живучесть, для него специально построили новую партию, названную «Справедливая Россия» из обломков бывшего блока «Родина», нескольких бывших коммунистов, «яблочников» и т. д.

Гораздо труднее далось В. Путину сместить руководство Государственной думы. После 1996 года, когда был вынужден уйти в отставку с поста Председателя Госдумы один из самых бездарных политиков ельцинского времени Иван Рыбкин, запутавшийся в конце концов в сетях, расставленных Б. Березовским; спикером нижней палаты был избран Геннадий Селезнев. В прошлом видный деятель Коммунистической партии, он старался вести себя на новом посту предельно осторожно, всячески проявлял равноудаленность от всех партийных центров, но как всякий совестливый человек он с трудом скрывал свою неприязнь к Б. Ельцину и его правительству. В период его пребывания на посту спикера в Государственной думе начался процесс подготовки импичмента Б. Ельцина, т. е. принудительного отстранения его от власти в соответствии с Конституцией. Для новой власти, сплошь покрытой родовыми пятнами предыдущего режима, было несподручно иметь дело с левым по своим убеждениям человеком.

В прессе внезапно, как по сигналу охотничьего рожка, началась травля Г. Селезнева и вообще фракции КПРФ в Госдуме. Их обвиняли в том, что они использовали аппарат Государственной думы в своих партийных целях (право бесплатной переписки, телефонных разговоров, копировально-множительной техники и т. д.). Раздались призывы к устранению коммунистов с постов руководителей думских комитетов (до этого времени руководящие должности в Думе делились по договоренности с другими партиями). Было очевидно, что шла психологическая подготовка к внутридумскому перевороту. В этой обстановке руководство КПРФ проявило очевидную растерянность и беспомощность. Оно явно не ожидало такого крутого поворота событий, оно слишком привыкло к относительно комфортной парламентской жизни. Вместо того, чтобы дать глубокую оценку изменившейся политической обстановке и выработать новую линию поведения партии, Г.Зюганов надеялся без всяких оснований на то, что президент В. Путин, к которому он обращался с открытым письмом, не даст свершиться несправедливости. Детские иллюзии для руководителя политической партии! Не дождавшись милости сверху, Г. Зюганов капитулировал по полной форме. Он отдал команду всем представителям КПРФ в руководящих органах Думы покинуть свои посты в знак протеста против произвола правительственного большинства.