Если создание 7 федеральных округов, на которые была поделена Россия, не вызвала особого противодействия со стороны региональных и местных властей, то предложенная В. Путиным реформа Совета Федерации стала на длительное время темой острых разногласий. Суть президентской инициативы состояла в том, чтобы полностью изменить порядок формирования Совета Федерации: вместо губернаторов и глав региональных законодательных собраний «сенаторские» места было рекомендовано заполнять выборными представителями от субъектов Федерации. По такой схеме избираются сенаторы в США и большинстве других стран, называющих себя демократическими. В. Путину очень хотелось ослабить потенциал Совета Федерации, кастрировать его как центр политической силы в государстве, который на последнем этапе администрации Б. Ельцина оказал прямое сопротивление самоуправству президента. У всех была жива в памяти история противостояния между Б. Ельциным и Советом Федерации из-за судьбы Генерального прокурора Юрия Скуратова, будоражившая Россию в течение весны и лета 1999 года.

Случилось так, что Ю. Скуратов, назначенный на свою должность в 1995 году, вошел в конфликт с не терпевшим никаких возражений Б. Ельциным по вопросам борьбы с коррупцией в стране. Президент запретил ему касаться этой больной темы, но Генеральный прокурор продолжал досаждать ему своими докладами. Наконец Б.Ельцин не выдержал и предложил ему подать в отставку с 1 февраля 1999 года под предлогом пошатнувшегося здоровья. Ю. Скуратов написал соответствующее прошение и был отправлен «на лечение». В санатории он вспомнил, что юридически право назначать и увольнять Генерального прокурора принадлежит Совету Федерации, а вовсе не президенту. «Поправившись», он решил вновь приступить к исполнению своих обязанностей. Разразился невероятный скандал. Рассвирепевший Б. Ельцин распорядился опечатать служебный кабинет Генерального прокурора, не пропускать его в здание прокуратуры и не выполнять его распоряжений. Сам Ю. Скуратов выступил 17 марта 1999 г. в Совете Федерации и сказал, что он не страдает никаким недугом, что его отставка вызвана антикоррупционными действиями в отношении ряда представителей высшего эшелона власти в стране. «Сенаторы» потребовали предоставления соответствующих материалов. Страна напряглась в ожидании сенсаций, и они не заставили себя ждать. Но явились они с другой стороны.

Однажды ночью по центральным каналам телевидения был показан снятый скрытыми оперативными камерами хлесткий компрометирующий фильм, в котором «лицо, похожее на Ю. Скуратова» и с голосом, похожим на голос Генерального прокурора, резвилось в сауне в костюме Адама в обществе двух девиц более чем легкого поведения. Это было ударом «под дых», но таковы уж нравы в кремлевской верхушке.

Еще дважды собирался Совет Федерации: 21 апреля и 13 октября 1999 г., и каждый раз упирался и не давал согласия на отставку Ю. Скуратова, ожидая от него представления серьезных разоблачительных материалов о коррупции в кремлевских кругах. Ситуация доставляла немыслимые страдания своенравному Б. Ельцину и не в последней степени повлияла на его решение подать досрочно в отставку. Но вот это упрямство губернаторов и решило судьбу прежнего Совета Федерации.

Предложения В. Путина о реформе Совета Федерации вызвали хотя и скрытое, но резкое неприятие со стороны губернаторов. Наиболее откровенно выразил свой протест Ю. Лужков, который в момент обнародования проектов, находился с визитом в Израиле. Остальные же его коллеги, не обладавшие таким весом, как московский мэр, ворчали и интриговали втихую. Несколько депутатов Государственной думы признавались журналистам, что на них оказывалось давление с целью заставить голосовать против президентских инициатив. Критики было много со всех сторон, но «сенаторы» так и не решились вступить в открытый конфликт с президентом. Они не поставили вопрос об отзыве всего пакета законодательных инициатив, а пошли по пути формулирования поправок, что само по себе означало победу главы государства.