Вопреки страхам перед репрессиями монголы были решительно настроены не потерять эти сказания вновь. На краткое время либерализация политической жизни, последовавшая за смертью Сталина в 1953-м, и принятие Монголии в ООН в 1961 году развязали монголам руки, и они обратились к истории своей родины. В 1962 году был даже подготовлен небольшой тираж марок к восьмисотлетию Чингисхана. Томор-Очир, важный человек в правительстве, разрешил создание памятника на месте рождения Чингисхана неподалеку от реки Онон, также он профинансировал проведение научной конференции, целью которой была оценка позитивных и негативных аспектов в истории Монгольской империи. На марках и на наброске памятника было изображено сульде Чингисхана – Знамя Духа, – под которым он совершал свои великие дела и в котором нашла вечное упокоение его душа.

По прошествии восьми веков сульде снова получило такое большое значение для монголов и некоторых близких им народов, что правительство СССР посчитало сам факт его изображения нехорошим знаком и поводом к нежелательной националистической реакции. Возникла опасность, что государство-сателлит может попытаться пойти собственным путем или, хуже того, перейти на сторону другого большого соседа Монголии – Китая. Марки были уничтожены, а с учеными расправились за преступное отклонение от линии разоблачения культа личности «…в форме проявления тенденций, направленных на идеализацию образа Чингисхана». Томор-Очир был отстранен от власти и отправлен во внутреннюю ссылку, где он и погиб.

Очистив ряды партии, коммунисты сосредоточили внимание на монгольских ученых, которых заклеймили как «китайских шпионов, саботажников, антипартийных элементов и паразитов». Вскоре была проведена кампания по борьбе с национализмом. Археолога Пэрлээ бросили в тюрьму, где содержали в бесчеловечных условиях, только за то, что он был учителем Томор-Очира, а также за тайные исследования в области истории Монгольской империи. Учителя, историки, художники, поэты и певцы оказывались в серьезной опасности, если только были как-то связаны с историей времен Чингисхана. Власти тайно казнили некоторых из них. Другие ученые были уволены с работы, изгнаны вместе с семьями из своих домов и вынуждены скитаться, многих отправили во внутреннюю ссылку в разные концы Монголии.

Во время этой чистки следы Знамени Духа Чингисхана окончательно исчезли. Возможно, его уничтожили власти. Но, несмотря на жестокие репрессии, а может быть, именно благодаря им многие монгольские ученые тайно занялись независимыми исследованиями «Сокровенного сказания». Рискуя жизнью, они пытались получить истинное представление о своем искаженном и забытом прошлом.

За пределами Монголии исследователи многих стран, в особенности России, Германии, Франции и Венгрии, вели работу по расшифровке этого текста и переводу его на современные языки. Их работа была очень затруднена отсутствием доступа к источникам на территории самой Монголии. В течение 1970-х годов по одной стали появляться главы «Истории» на монгольском и английском языках. Они публиковались под редакцией Игоря де Рачевильца – итальянского (с татарскими корнями) исследователя древнего монгольского языка. В то же время американский ученый Фрэнсис Вудман-Кливз подготовил собственный очень точный перевод, который был опубликован в 1982 году. Впрочем, для того чтобы документы стали понятны современному читателю, было недостаточно просто расшифровать и перевести их. Даже в переводах текст оставался крайне запутанным, поскольку он явно был написан для узкого круга людей из близких родственников Чингисхана. Это предполагало не только прекрасное знание культуры монголов XIII века, но еще и точной географии их страны. Исторический контекст и биографическое значение этого манускрипта оставались недоступными, поскольку невозможно было провести тщательный анализ текста с изучением местности, где происходили описанные события.