По выходе за штат за девять лет до своей кончины отец Алексий передал своё место отцу Павлу Вигилянскому, как уже было сказано, женатому на его внучке от старшей дочери Надежды, а вместе с местом – и все заботы по хозяйству, и уже больше не входил в них. Таким образом, удалив от себя мирские хлопоты, отец Алексий предался высшему молитвенному подвигу – затворничеству. Домашние не тревожили его в уединении, приходя только в тех редких случаях, когда требовались их услуги.

На вид отец Алексий в это время был уже седым согбенным старцем. Лицом своим, как уверяют, очень походил на преподобного Серафима Саровского. Глаза светились миром и любовью, какой-то внутренней духовной радостью и словно озаряли всё вокруг. Взор у него был проникновенный. Казалось, он насквозь видел каждого человека, читая в его душе самые сокровенные мысли. Роста отец Алексий был небольшого. Голос у него был тихий и мягкий, как в обыденной жизни, так и при совершении Богослужений. В одежде он придерживался крайней простоты. Бельё носил из простого крестьянского холста, рясы почти никогда не одевал, а ходил в полукафтане из нанки. Последние тридцать лет своей жизни он совсем не ходил в баню, а под конец носил власяницу, в которой и был по собственному желанию похоронен. Спал он на жёстком войлоке, постоянно ходил в лаптях, сапоги надевал только в храм Божий. К старости от долгих молитвенных стояний у него сильно болели и пухли ноги, и он дома иногда ходил в вязанках. В маленькой убогой келье его были только небольшая печь, жёсткий топчан, стол с несколькими стульями и аналой, поставленный перед образом Смоленской Божией Матери с постоянно горевшей лампадкой.

Эти последние годы жизни праведника особенно наполнены разнообразными свидетельствами чудесной помощи, посылаемой Богом по его святым молитвам. Приведём некоторые из них.

В двадцати пяти верстах от Бортсурман, в небольшом провинциальном городке Курмыш, в сороковых годах XIX века жила семья Растригиных – муж, жена и дочь Татьяна, с рождения не владевшая ногами. Все провинциальные городки того времени походили друг на друга. Деревянные, редко где кирпичные одноэтажные или с полуподвалами дома, цветущие по весне сады, гуляющие перед домами куры, гуси, утки, гужевая дорога меж; домов главной улицы, ярмарка у церкви, а вокруг холмы, поля, леса да луга, с пасущимися стадами. Все в таких городах друг дружку знали. Поэтому и в Курмыше все прекрасно знали о родительской скорби Растригиных. Сочувствовали, жалели больную девочку. Особенно же, когда её выносили летом на крыльцо и сажали на стульчик. Зимой девочка сидела у окна и часами смотрела, как лепили соседские ребятишки снеговиков, катались на санках. Взгляд её всегда был задумчив и печален. А уж как скорбели родители, одному Богу известно.

Когда слух о святости жизни отца Алексия дошел до Растригиных, они, не раздумывая, решили нести в Бортсурманы свою больную шестилетнюю дочь. Растригин был человек состоятельный, торговал красным лесом, держал паром на Суре, он вполне мог бы нанять лошадей, но жена из усердия отправилась в Бортсурманы пешком. Весь путь она несла Танечку на руках. В Бортсурманы пришла под вечер. Без труда отыскала дом праведника.

Батюшка встретил их на пороге своей кельи. Назвав девочку по имени, хотя видел её первый раз в жизни, он возложил ей на голову руку, затем благословил и её, и мать, и помолился вместе с ними. На другое утро молился опять. Потом помазал ноги ребёнка маслом из горящей перед образом Смоленской Божией Матери лампадки и, благословив ещё раз обеих, отпустил, сказав, что будет молиться.