Днем 26 июня наконец пришел приказ от командующего флотом вице-адмирала Трибуца об оставлении Лиепаи. Войска должны были прорываться по суше, а командование Либавской базы – уходить морем на торпедных катерах. В 03.00 27 июня окруженныедвумя колоннами отправились в путь. В составе одной из них двигались бойцы 84-го и 43-го ОЗАД с двумя зенитками. Командир 841-й батареи Ф. К. Тимашков вспоминал: «По приморской дороге на север двигался пестрый людской поток. Шли военные и гражданские, старики, женщины и дети. Над дорогой на высоте 100–150 метров летали немецкие самолеты, расстреливая идущих из пулеметов». Вскоре был разбит трактор и повреждена прицепленная к нему зенитка. Затем вышел из строя и второй тягач. Лишившись транспорта, зенитчики подорвали последние пушки и пошли далее налегке. В конце концов остатки 84-го артдивизиона во главе со старшим лейтенантом Сорокой достигли города Кулдига и соединились с находившимися там частями Красной Армии. Однако они были в числе немногих, которым удалось это сделать…

Эвакуация по морю оказалась не легче. В 03.30 27 июня два торпедных катера № 17 и № 47, на борту которых находились командир и штаб уже бывшей Либавской ВМБ, вышли в море и взяли курс на Вентспилс. Последним горящий порт через полчаса покинул грузопассажирский пароход «Виениба» тоннажем 288 брт[8] с ранеными и гражданскими лицами. Над палубой подняли флаг Красного Креста, надеясь, что он спасет от атак авиации. Судно сопровождали торпедные катера №№ 27, 37 и 67. Около 06.00, когда «Виениба» шла курсом на север, внезапно появились германские самолеты, которые сбросили на судно бомбы и обстреляли из пулеметов. Поняв, что судно тонет, капитан резко повернул к берегу, но, не дойдя до него несколько миль, «Виениба» ушла под воду. Успевших выпрыгнуть за борт немецкие самолеты нещадно расстреливали из пулеметов до тех пор, пока у них, вероятно, не кончился боезапас. В итоге уцелела только одна шлюпка с 15 моряками. Торпедный катер № 27 до последнего вел огонь по противнику, пока сам не был потоплен.

Начальству тоже не повезло. В районе маяка Ужава торпедные катера №№ 17 и 47 были атакованы немецкими торпедными катерами. В результате «сорок седьмой» был потоплен, и только одному катеру с капитаном 1-го ранга Клевенским удалось оторваться и уйти в сторону эстонского острова Сааремаа (Эзель). Так трагически окончилась судьба Либавской военно-морской базы.

Уже 25 июня 1941 г. дивизии Вермахта подошли к следующему пункту базирования Балтийского флота – порту Вентспилс, который уже несколько дней бомбили самолеты Люфтваффе. Эвакуация из него также проходила в спешке, на причалах бросали все, что не успели взорвать: флотское имущество, орудия, мины и прочее.

27 июня Вентспилс последними покинули пароходы «Амга» и «Марта» тоннажем по 1414 брт. Им удалось благополучно достичь острова Сааремаа и высадить там военных моряков. Затем суда отправились в Таллин, но 29 июня в районе пролива Соэла-Вяйн, разделяющего острова Сааремаа и Хиума (Даго), были атакованы и потоплены немецкими самолетами.

Части Вермахта быстро продвигались на север и северо-восток, одним за другим захватывая места базирования Балтийского флота. 27 июня они вышли к Западной Двине, и командующий КБФ дал указание об эвакуации Прибалтийской военно-морской базы, располагавшейся в Усть-Двинске. В тот же день легкий крейсер «Киров» и пять эсминцев покинули Рижский залив и перешли в пролив Муху-Вяйн (Моонзундский пролив), между материком и островом Муху (Моон), и встали на рейде порта Куйвасте, на юго-восточной оконечности острова. Позднее к ним присоединились и другие корабли, в том числе эсминец «Сметливый», плавбазы «Иртыш» и «Смольный», а также семь подводных лодок. Однако над проливом регулярно летали немецкие самолеты-разведчики, и, опасаясь авиаударов, командир отряда легких сил (ОЛС) Балтфлота контр-адмирал В. П. Дрозд решил эвакуировать крупные корабли еще дальше – в Таллин.