23 мая 1591 года царевич Дмитрий был похоронен в подклете Спасо-Преображенского собора. Летописец утверждает, что он сразу же был положен в аркасолии с южной стороны – самом почетном месте, но некоторые факты вызывают сомнения в том, что все происходило именно так.

На фотографии ниже – надгробный покров царевича, который был вышит и прислан в Углич из Николо-Выксинского монастыря его матерью к годовщине его смерти. Он должен был возлагаться на саркофаг или раку умершего во время ежегодных поминовений. Следовательно, каменный саркофаг не был замурован в стену подклета еще в 1592 году и стоял среди других княжеских захоронений открыто, и покров мог использоваться, как полагается – в качестве надгробного покрывала в дни памяти. Останки, вынув из каменного гроба, упрятали «в печюру» позже, видимо, по приказу царя Бориса Годунова или при Лжедмитрии I, желая спасти от уничтожения. Скорее всего, это произошло в 1605 году во время острого конфликта Отрепьева – «царя Дмитрия Ивановича» с Марией Фёдоровной из-за перезахоронения в Угличе подложного «поповского сына» на обычном кладбище. Именно она инструктировала комиссию митрополита Филарета о тайном месте захоронения настоящего царевича в «печюре», которое быстро нашли в отличие от нетленного «некрадомого сокровища», захороненного в другом месте. Характерно, что и в «Тетради Филарета» не говорится о разборке каменных стен или фундаментов Преображенского собора во время поисков, митрополит и его сподвижники выкопали гроб из земли, хотя никаких земляных могил в подклете не было обнаружено даже современными археологами.

Царица по преданию вышивала покров собственноручно и, следует полагать, стремилась к воссозданию правдивого облика своего ребёнка. Если внимательно приглядеться к изображению умершего, то становятся очевидными позднейшие легендарные «напластования»: знаменитое «старое ожерельицо» на шее царевича не вышито изначально, а просто прикреплено поверху к ткани. Это означает, что в 1592 году про историю с коварными убийцами и ожерельицем никто, в том числе и мать Дмитрия, ещё не был наслышан. В правую руку покойного царевича вложен свиток с молитвой, а левая осталась пуста – никаких орешков, ножей или платочков в ней нет. Вообще, трудно себе представить, чтобы в подлинное захоронение члена царской семьи посмели положить какую-либо еду или запачканные кровью вещи.

Тело изначально поместили в каменный гроб – если легенда права, то сам гроб был старый, а надгробная плита вытесана заново. Через несколько лет останки царевича, по всей видимости, тайно спрятали «в печуре» или в каком-то ином месте, «предав земле» – в закрытых аркасолиях обыкновенно хоронили без каких-либо гробов. На пол насыпали некоторое количество земли или строительного мусора, на него клали тело умершего и засыпали сверху землёй или глиной. Ниша была полностью замурована и, видимо, не расписана снаружи, как обычно полагалось, что делало захоронение достаточно незаметным.

Единственным указанием на место могилы тогда мог бы быть надгробный иконостас, в который входили как минимум три иконы – мерная, домашняя молельная и посмертная. Предположительно первый надгробный иконостас царевича включал в себя икону Троицы, так как угличская писцовая книга 1678 года зафиксировала её наличие в Преображенском соборе рядом с образом царевича Дмитрия «в молении» – очевидно, это имелась ввиду посмертная икона: «Да в церкви у правого столба образ живоначальныя Троицы, в молении благоверный царевич князь Димитрий с принесением в киоте»106. Обе иконы имели непосредственное отношение к месту захоронения, так как были расположены именно в той стороне собора, где в тайной «печюре» находилось погребение. Троица могла быть домашней молельной иконой царевича, которая оставалась в Угличе или была возвращена вместе с ракой из Москвы с места перезахоронения, где осталась мерная икона. Из трёх указанных икон две сохранились до наших дней, конечно, в надгробном иконостасе их могло быть больше, но восстановить их реальное количество и содержание сейчас не представляется возможным.