Генетически последовательные стадии развития получают свою качественную определенность не в зависимости от их случайно складывающегося соотношения, а во взаимодействии с действительностью. Применительно к человеку это и является формированием сознания в деятельности в зависимости от активности субъекта деятельности. На основе принципа единства сознания и деятельности Рубинштейн дает методологическое определение природы психики как единства отражения и отношения, познания и переживания, гносеологического и онтологического. В этой же работе Рубинштейн дает развернутую характеристику сознания как высшего уровня организации психического. Он раскрывает сознание через диалектику индивидуального и общественного, показывает его соотношение и с общественным сознанием, и с реальным бытием индивида. Сознание выступает как регулятор деятельности, осуществляя три взаимосвязанные функции: регуляции самих психических процессов, регуляции отношений субъекта к миру и регуляции деятельности как целостного проявления субъекта. Сознание, таким образом, выступает как высшая способность действующей личности.

По переезде в Москву Рубинштейн снова оказывается поставленным перед задачей организационно-теоретической интеграции психологии, но уже в качестве директора Института психологии АПН СССР. Одновременно он создает кафедру психологии в Московском государственном университете им. М. В. Ломоносова и приглашает А. Н. Леонтьева, А. Р. Лурию, ученицу К. Левина Б. В. Зейгарник, П. Я. Гальперина и др. Трудно переоценить роль этой кафедры в деле подготовки отечественных психологов, теперь психология могла опираться на разработанные С. Л. Рубинштейном основы психологии. Научные исследования, развернутые на кафедре, непосредственно смыкались с подготовкой новых кадров, образуя целостный цикл развития и воспроизводства психологической науки.

В 1943 г. С. Л. Рубинштейн избирается членом-корреспондентом Академии наук СССР, что означало признание роли психологии как самостоятельной науки. У него возникает замысел создания нового современного психологического института, в котором можно было бы реализовать теоретически и эмпирически новые принципы психологического познания, которые оказались несовместимы с эмпирическими челпановскими традициями. В 1945 г. ему удается сделать первый шаг к достижению этой цели – создать сектор психологии в Институте философии АН СССР. Своих учеников С. Л. Рубинштейн ориентирует на изучение истории отечественной психологии, психологического наследия И. М. Сеченова, линия которого им постепенно восстанавливается. Сам Рубинштейн, завершив в середине 1940-х гг. подготовку второго издания «Основ общей психологии», продолжает методологическое осмысление проблем мировой психологии, осуществляет анализ основных направлений американской и западно-европейской психологической мысли, определяет дальнейший курс развития отечественной психологии, ее первоочередные задачи.

В 1940-е гг. под влиянием требования войны начинается становление связи психологии и практики. Одной из важнейших практических проблем, вставших в этот период перед психологами, оказалась проблема восстановления трудо– и боеспособности после ранений. Рубинштейн уделяет огромное внимание этим работам, поддерживает развитие на их основе нейрофизиологии (исследования А. Р. Лурии), теоретически осмысляет данные, полученные в результате нарушений деятельности мозга, процессы реабилитации и компенсации. Проделав в «Основах общей психологии» анализ основных направлений развития советской психологии, ее прикладных и специальных отраслей (детской, педагогической и т. д.) Рубинштейн разрабатывает теоретические основы и практические формы интеграции ее направлений. «По его проекту в Институте философии (Волхонка, 14) построены специальные изолированные помещения для проведения экспериментов с помощью новейшей экспериментальной аппаратуры, полученной по репарациям из Германии. Он надеялся на базе этого Сектора организовать в будущем институт психологии АН СССР» (А. В. Брушлинский).