Новое окружение Ивана стал натравливать его на мнимых недоброжелателей из бояр, которые якобы сеют вредные слухи и хотят жить по старым адашевскими обычаями. Иван решил показать свою строгость. Сначала он лишил собственности всех близких Адашева, и стал отправлять их в ссылку. Женщина по имени Мария, известная дружбой с Адашевым, была казнена вместе с пятью сыновьями по доносу: ее обвинили в том, что она хочет колдовством извести царя. Князь Дмитрий Оболенский-Овчинин сказал Федору Басманову, что он служит царю полезным трудом, а тот «гнусными содомскими делами». Басманов донес на князя и Иван в гневе за обедом зарезал Оболенского ножом. По другим источникам, Иван приказал задушить его.

Угождая Ивану, появились массовые доносчики. Подслушивались разговоры в семьях, среди друзей, а доносы не требовали улик. Москву сковал страх. Кровь лилась, но самое страшное было еще впереди.

Второй этап казней совпал с учреждением опричнины. 4 февраля 1565 года начались казни мнимых изменников, которые будто бы с Курбским покушались на жизнь Ивана и его детей. Князя Дмитрия Шевырева посадили на кол. Он умирал в муках целый день, но пел канон112 Иисусу. У многих бояр отняли имения, многих постригли или сослали в Казань.

В 1567 году по России прокатилась очередная волна насилия.

Одного из «виновных», конюшего Федорова, он убил, ударив его ножом в сердце. Опричники добили старика. Обезображенный труп вытащили из дворца и бросили собакам. Убили и престарелую жену конюшенного. Потом казнили всех мнимых единомышленников Федорова. Князя Петра Щенятева, известного военачальника, вытащили из кельи и замучили. Его жгли железом, загоняли иголки под ногти. Многих знатных людей убили, когда они ничего не подозревая, молились или шли в свои приказы.

В июле 1568 года ночью Иван позволил Афанасию Вяземскому, Малюте Скуратову, Василию Грязнову совершить безнравственный и безбожный поступок. В полночь царская дружина под предводительством этих царских любимцев ворвалась в дома ко многим знатным людям, дьякам и купцам, забрали их женщин, известных красотой, и вывезли из города: некоторых отобрал себе Иван, других уступил своим любимцам. Опричники скакали вокруг Москвы, жгли усадьбы опальных бояр, казнили их слуг, истребляли скот. Иван вернулся в Москву и велел ночью развести женщин по домам. Некоторые не вынесли позора и стыда и предпочли умереть.

Однажды в праздник, когда митрополит Филипп служил в Новодевичьем монастыре Иван пришел туда с опричниками, нашел повод для гнева и, забыв всякое приличие, изругал митрополита, лишил его духовного сана, с него сорвали святительскую одежду и выгнали из церкви метлами. Потом он восемь дней просидел в темнице, скованный цепями.

Освободившись от неугодного митрополита, Иван стал еще более необузданно свирепствовать, губя целые города. В Торжке опричники во время ярмарки затеяли драку с жителями. Царь объявил горожан бунтовщиками и велел их пытать и топить. То же случилось и в Коломне.

Народ ждал новых злодеяний, и они последовали. Получив донос о том, что Новгород хочет предаться Литве, Иван в декабре 1569 года Иван со всем двором, с дружиной и царевичем Иваном пошел в Новгород. Новгородцы не могли понять, в чем их вина. Улицы усеялись трупами; войско Ивана не щадило ни детей, ни женщин. Кровь лилась от Клина до Твери. В Твери еще был жив свергнутый митрополит Филипп, о котором Иван не забыл. Он послал к нему Малюту Скуратова и тот задушил старца. Истинную причину смерти скрыли, объявив, что Филипп скончался от нестерпимой жары в келье113.