К XIII в. среди сформировавшихся школ тибетского буддизма45 наибольшим влиянием обладала Сакья во главе с Сакья-пандитой, который стал теократическим правителем Тибета. Этому способствовали тесные контакты сакьяпинцев с правителями монгольской императорской династии Юань в Китае46. Однако, после падения в Китае в 1368 г. этой династии и провозглашения новой национальной династии Мин (1368–1644) позиции Сакья в Тибете существенно ослабли. Таким образом, со второй половины XIV в. начался постепенный упадок школы Сакья47.
Новый толчок ко второй религиозной гегемонии в пределах всей страны связан с двумя аристократическими кланами Пагмоду и Ринпунг, которые являлись последователями Карма-Кагью и Дрикунг-Кагью48. Возвышение школы Кагью, начавшееся с XIV в. и продлившееся три столетия, объяснялось тем, что боровшиеся за политическое господство в XV–XVI вв. кланы Пагмоду и Ринпунг были последователями субтрадиций этой школы. Официальное религиозное лидерство было признано за Карма-Кагью.
Период ожесточенной борьбы между кланами Пагмоду и Ринпунг за политическое господство в стране и обладание Центральным Тибетом совпал по времени с развитием и зарождением новой школы Гелуг. Школа Гелуг, возникшая позднее других, в XIV–XV вв., во многом выступила преемницей традиции Кадам.
Основателем школы Гелуг принято считать Дже Цонкапу (1357–1419). О нем говорят как о реформаторе, чьи преобразования были направлены на возвращение к строгому соблюдению правил Винаи и на систему буддийского образования. Цонкапа оценивал другие школы тибетского буддизма как несовершенные в монашеской дисциплине, академическом обучении и тантрической практике49. Таким образом, в школе Гелуг на передний план выдвигалось монашество, и огромное внимание уделялось системе религиозного образования. Школа Гелуг прославилась своими мощными монастырями-университетами50, в которых обучение строилось по единой образовательной программе.
Гелуг довольно быстро приобрела значительную популярность среди простого населения и уже в XV в. имела последователей почти повсеместно. С конца XV в. и вплоть до середины XVII в. школа переживала самый тяжелый этап своего утверждения среди других школьных традиций, испытывая давления со стороны последователей Кагью. В конце XV – начале XVII вв., когда политическая власть оказалась полностью в руках аристократической семьи Ринпунг, а затем правителей Цанга, школа Гелуг стала подвергаться вытеснению с территории Центрального Тибета51. Когда в начале XVII в. в открытое вооруженное противостояние с Ринпунгами вступают ранее бывшие у них в подчинении правители района Цанг, в этот конфликт оказывается втянутой школа Гелуг, крупные монастыри которой находились в этих районах.
Тогда высшие иерархи школы Гелуг обратились за помощью к джунгарам, которые откликнулась на просьбу, вторгнувшись в Тибет во главе с Гуши-ханом. В 1640 г. Гуши-хан разгромил прибывшие в Тибет кукунорские монгольские войска, поддержавшие Карма-Кагью. В 1642 г. он захватил Цанг и казнил правителей этого района – гонителей школы Гелуг52. В этом же году Гуши-хан возвел Пятого Далай-ламу на престол, наделив его всей полнотой верховной власти над Тибетом.
В период правления Пятого Далай-ламы Лобсанга Гьяцо была сформулирована концепция теократического управления страной, согласно которой Далай-ламы являлись человеческими воплощениями Бодхисаттвы Авалокитешвары, выступая носителями сакральной силы политической и религиозной власти. Для легитимности статуса Далай-ламы как теократического правителя активно привлекались терма школы Ньингма